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miRcode---长链非编码RNA转录组中假定的miRNA靶点预测

已有 9304 次阅读 2015-1-6 22:38 |个人分类:【转录组-lncRNA分析】|系统分类:科研笔记


microRNA在细胞中的功能与作用的研究已经相对完善,而长链非编码rna功能是多种多样的,作为细胞生理作用的重要的调控因子,对于他们的研究才慢慢开始重视。少量的研究小RNA与长链非编码RNA之间相互作用表明,lncRNA可以作为抑制作用decoys(分子诱饵)或者miRNA的调控性的靶标起作用。但是这种作用仍然研究甚少。为了有利于miRNA-lncRNA相互作用,来自瑞典哥德堡大学的研究人员,开发了一种图谱工具miRcode:一种可以搜索的界面软件来预测miRNA靶点,目前版本,它覆盖完整的GENCODE注释的转录组,包括10419条已经注册的lncRNA。


AVAILABILITY: http://www.mircode.org 


Jeggari A, Marks DS, Larsson E. (2012) miRcode: a map of putative microRNA target sites in the long non-coding transcriptome. Bioinformatics 28(15), 2062-3.



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