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随着计算机技术的发展,‘云’频繁的出现在我们的视野里,云平台、云计算、云服务、云存储。“云”的定义,大量用网络连接的计算资源统一管理和调度,构成一 个计算资源池,向用户按需提供服务,按需供给资源。“云”是大数据的产物,它的概念不仅限于计算机领域,已经延伸到生命科学领域,bioinformatics clouds 应运而生。
Lin Dai等人在2012年biology direct 上发表了一篇关于bioinformatics clouds的文章:Bioinformatics clouds for big data manipulation。文章指出,高通量技术的发展和应用,特别是目前应用比较成熟的芯片技术和如火如荼的二代测序技术,生命科学领域的数据越来越庞大. 小型计算基础设施不再适应大型数据的处理,生物信息向通过网络传递的提供服务的云端计算倾斜。作者将生物信息基于云的服务分为四种:Data as a Service (DaaS), Software as a Service (SaaS), Platform as a Service (PaaS), and Infrastructure as a Service (IaaS)。如下图所示,该图源自文章。
数据作为服务DaaS,提供实时更新的数据,动态提供给用户所需数据。软件作为一种服务SaaS,提供在线软件,方便远方用户在线实用软件。平台作为一种服务PaaS,给用户提供测试、开发、配置云应用的环境,计算资源根据应用所需自动分配。基础设施作为一种服务IaaS,是指通过网络传递各种虚拟资源,如CPU、软件等,给用户提供计算机基础设施。这些虚拟资源作为一种公共设施,用户客户获取它,并且对他们所使用的虚拟资源付费。目前DaaS和SaaS最为常见,PaaS 和IaaS尚处于起步阶段。
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