1、FASTA文件的格式

在生物信息学中，FASTA格式（又称为Pearson格式）是一种基于文本的、用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来表示，且允许在序列前添加序列名及注释。

FASTA文件以序列表示和序列作为一个基本单元，各行记录信息如下：

第一行是由大于号">"开头的任意文字说明，用于序列标记，为了保证后续分析软件能够区分每条序列，单个序列的标识必须具有唯一性。；

从第二行开始为序列本身，只允许使用既定的核苷酸或氨基酸编码符号。通常核苷酸符号大小写均可，而氨基酸常用大写字母。使用时应注意有些程序对大小写有明确要求。文件每行的字母一般不应超过80个字符。

2、FASTQ文件格式

FASTQ是基于文本的、保存核酸序列和其测序质量信息的标准格式。其序列以及质量信息都是使用一个ASCII字符标示，最初由Sanger开发，目的是将FASTA序列与质量数据放到一起，目前已经成为高通量测序结果的事实标准。

FASTQ文件中以四行最为一个基本单元，并对应一条序列的测序信息，各行记录信息如下：

第一行记录序列标识以及相关的描述信息，以‘@’开头，为了保证后续分析软件能够区分每条序列，单个序列的标识必须具有唯一性；

第二行为碱基序列；

第三行以‘+’开头，后面是序列标示符、描述信息，或者什么也不加；

第四行，是质量信息，长度和第二行的序列相对应，每一个序列都有一个质量评分，根据评分体系的不同，每个字符的含义表示的数字也不相同。