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2019新型冠状病毒信息库 (2019nCoVR)

已有 5130 次阅读 2020-3-3 12:47 |个人分类:【数据库】|系统分类:科研笔记

关于冠状病毒
冠状病毒属于套式病毒目、冠状病毒科、冠状病毒属,是一类具有囊膜、基因组为线性单股正链的RNA病毒,是自然界广泛存在的一大类病毒。某些冠状病毒会感染人类并引起疾病,比如中东呼吸综合征(MERS)和严重急性呼吸综合征(SARS),其症状可从普通感冒到重症肺部感染。
2019年12月在武汉首先发现的冠状病毒是一种先前尚未在人类中发现的病毒株系,被WHO命名为2019新型冠状病毒“2019-nCoV”(2019 novel Coronavirus)。2020年2月11日,该病毒被国际病毒分类委员会(the International Committee on Taxonomy of Viruses)冠状病毒研究小组(Coronavirus Study Group,CSG)命名为“SARS-CoV-2”(Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2),同时,由该病毒感染引起的疾病被WHO命名为“COVID-19”(Corona Virus Disease 2019)。

NCBI的病毒分类工具PASC将2019-nCov分类为严重急性呼吸综合征相关冠状病毒种(Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus),该种还包含2003年爆发的SARS病毒,两者基因组序列相似度为80%。


2019新型冠状病毒信息库

2019新型冠状病毒信息库(https://bigd.big.ac.cn/ncov)整合了来自德国全球流感病毒数据库、美国国家生物技术信息中心、深圳(国家)基因库及国家生物信息中心(CNCB)/国家基因组科学数据中心(NGDC)等机构公开发布的2019-nCoV基因组和蛋白质序列数据、元信息、学术文献、新闻动态、科普文章等信息,开展了不同冠状病毒株的基因组序列变异分析并提供可视化展示。

目前,该信息库已升级至2.0版本,已整合249条新冠病毒及疑似与其来源相关的病毒基因组序列信息、38047条冠状病毒序列、人源新冠病毒基因组的302个变异、588篇新冠病毒相关文献。

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基因组序列发布版块

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基因组变异可视化版块

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在线工具版块

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文献信息版块

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