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密码子优化网站集锦

已有 5798 次阅读 2019-8-30 00:59 |个人分类:【数据库】|系统分类:科研笔记

1.http://www.detaibio.com/tools/
虽然名气不大,但功能很强大

2.http://www.kazusa.or.jp/codon/
这是日本一个专门的密码子数据库,在里面先输入你要表达的动物的名称,就可以得到关于这个哺乳动物表达系统的密码子偏爱性表,然后把氨基酸序列翻译成相应的偏爱密码子就可以了!

3.https://www.vectorbuilder.cn/tool/codon-optimization.html


利用Codon W可以对基因的RSCU,CAI,Fop和Nc等指标进行分析。

由于单个软件都会有其长处和短处,最好的办法是使用多个优化软件分别进行优化,然后使用软件计算优化后基因的适应度值(CAI,codon adaptation idex)。切莫只依靠单一的软件优化结果。



https://blog.sciencenet.cn/blog-1509670-1195817.html

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