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TRRUST---转录因子-靶基因数据库

已有 11368 次阅读 2019-8-28 20:02 |个人分类:【其他】|系统分类:科研笔记

网址:
https://www.grnpedia.org/trrust/

这个数据库最早是韩国人在2014年构建的,目前,这个数据库已经是第2个版本了。该数据库使用MeSH词汇查询、不断改进的sentence-based文本挖掘算法,加之挖掘后仔细的人工校对,保证了该数据库中的TF-target调控互作都是经过实验验证的。目前该数据库收录了已经报道的人和小鼠的6552对TF-target调控信息。

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用途一:查询转录因子的靶基因,而且是经过实验验证的靶基因。
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用途二:查询某个基因受到哪些转录因子的调控。
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用途三:查询基因列表的关键调控因子。
因为转录因子往往同时调控了诸多功能密切相关的基因,因此,在我们通过各种实验或者数据挖掘获得差异基因列表后,我们可以直接将此列表扔给这个网页服务器,服务器会自动计算最有可能调控这些差异基因的转录因子,这个和iRegulon插件的功能比较类似。
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用途四:数据下载,整合分析。
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