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在做第一性原理计算时,我们需要把单胞(conventional cell)变成原胞(primitive cell)。这一过程可以借助Materials Studio、cif2cell等软件来实现。然而,有时候这些软件并不是按照教科书上的惯用方式来转换的。因此,本帖子介绍如何利用VESTA软件的Transform功能把单胞转为原胞,这种方法可以自己定义单胞转换为原胞的方式。
1. 导入要换结构的cif文件,点击Edit → Edit data → Unit Cell…
2. 在弹出的对话框中点击“Transform…”,随后会弹出如下对话框。
这里我们以体心四方的AgGaS2为例,它的原胞和单胞的基矢的关系为:
所以,对话框中输入以上数值。请注意VESTA的矩阵变换形式是
所以还要注意矩阵元的顺序。
3. 点击“OK”按钮,在弹出的Warning窗口中点击“是”。
经过转换后,AgGaS2的原胞为:
4. 导出数据:点击“File”→“Export Date…”选择想要的输出格式。
说 明:
1. 如果转换为VASP格式的结构,最好把filename.vasp文件中的a、b和c的基矢在笛卡尔坐标系下的方向改为教科书上的惯用方向,如下所示:
2. 三角H (hexagonal)格子无法用VESTA的这种方式正确转换为R (rhombohedral)格子。
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GMT+8, 2024-12-25 02:35
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