中华鲟研究所的前身为“三三○水产处”，1982年经水利部批准成立。1985年更名为中华鲟人工繁殖研究所，1993年更名为中华鲟研究所。2008年9月1日，中华鲟研究所从葛洲坝集团公司整体划归中国三峡总公司管理。
      长江葛洲坝水利枢纽的建设，阻断中华鲟洄游长江上游产卵、繁殖的自然通道。为防止中华鲟的灭绝，成立了该机构，主要任务是：研究、完善中华鲟人工繁殖、放流技术，进行中华鲟实验性生产，网捕中华鲟过坝，开展中华鲟生态习性研究等。

      这是我国政府首次在大江大河水电开发中，把工程建设与生态保护进行有效结合，开创了我国江河综合开发与治理的先河。

       中华鲟研究所从此成为我国唯一一家进行专业的人工繁殖、蓄养、放流中华鲟的科研机构。成立20多年来，中国三峡总公司累计投资4000多万元用于中华鲟人工增殖研究和放流繁殖。中华鲟研究所累计向长江、珠江等流域放流各种规格的中华鲟近500万尾，放流胭脂鱼3.6万余尾，放流史氏鲟30余万尾。共取得30多项科研成果。目前，中华鲟研究所已形成稳定的生产繁殖体系，具备每年规模放流5至10万尾中华鲟能力。