1.安装

Download：http://www.mothur.org

加入环境变量：我的电脑-属性-高级系统设置-环境变量-adminstrator的用户变量-PATH（没有则新建）-将mothur所在的文件夹路径添加进去（例如mothur文件夹路径为C:UsersAdministratorDesktopmothur,且保证mothur.exe在此文件夹内，将此路径输入即可），用；与其他环境变量隔开。

2.使用

开始-cmd -->进入数据文件夹-mothur

3.mothur命令查找

http://www.mothur.org/wiki/Mothur_manual