还原论（Reductionism）与整体论（holism）是科研方法论的两大体系，还原论与整体论是科学和哲学中长期争论不休的一个古老话题。还原论方法创造了近现代科学400多年发展的巨大成功。还原论的本质——把问题分解为各个部分，然后再按逻辑顺序进行安排，已成为现代科学思维的基本特征。它在发展科学理论和实现复杂技术项目中被证明是极为有用的。直至今天仍然是现代科学的重要特点和基本原则。桑塔费（Santa Fe Institute）研究所首任所长考温(Goerge Cowan)指出 “通往诺贝尔奖的堂皇道路通常是用还原论的方法开辟的”。由此可见还原论在人类科学史上的地位。

分割论（Reductionism，或译为还原论）是西方认识客观世界的主流哲学观，认为万物均可通过分割成部分的途径了解其本质。东方文明整体观则认为这种认识论只可用于简单事物，对于复杂事物（例如人体生命）而言，一旦被分割，将会因此丧失许多信息而失真。事物的复杂程度越高，因分割而失真的程度就越严重。
     要完整、准确地描述还原论和整体论并不是意见容易的事情，这里仅对它们的内涵和方法论做简单阐述。还原论是把高级运动形式归结为低级运动形式，用研究低级运动形式所得出的结论去代替对高级运动形式的本质认识的哲学或科学哲学观点。还原论认为复杂事物的本性，总是可以被简化变为更加简单，更加基本的想法或说要素。每一种事物都是一些更为简单的或者更为基本的东西的集合体或者组合物；世界或系统的总体运动，是其中每一个局部或元素的运动的总和。
    还原论方法采用由确知局部或部分特性，再通过求和来了解整体特性。其基本假设是整体可以分割为多个部分，所有部分之总和等于整体。手段就是对研究对象不断进行分析，恢复其最原始的状态，化复杂为简单。笛卡尔提出的人类思维的四项原则，【引言又译《谈谈方法》，全名为《谈谈正确引导理性在各门科学上寻找真理的方法》。文章以半自传的形式，深入浅出地介绍了作者新的哲学方法及其形成过程。作者从几何学和代数学的优缺点总结出四条原则：（一）不要把任何事物看成是真的，除非对它已经认识清楚了。（二）要用逐步分析的方法系统地解决问题。（三）思考时，由简到繁。（四）要彻底复查一切，做到确实无遗漏。在四条规则中，作者指出了三种具体的方法：怀疑的方法、分析、演绎和列举推理的方法。尤其主张普遍怀疑，认为一切都可怀疑，只有怀疑者本身不可怀疑，从而得出“我思故我在”这一哲学公式。对于作者，怀疑和怀疑的克服学说是哲学的入门途径，这种学说的锋芒是直接针对当时占统治地位的经院哲学，因此被誉为西方近代哲学的宣言。】在早期相当完整地描述了还原论的基本方法。还原论的方法是我们所熟悉的，近世科学技术所应用的几乎全部方法都是还原论方法。还原论方法最大的成功之处在于，用这种方法建立起来的科学理论，不仅具有精确严密的特质，还具有强大的预言能力，这种预言经得起实验的检验。借助公理理论体系严密的逻辑关联，还原论的另一个优点是，每当预言失败时，或者理论计算与实验结果发生重大偏差时，人们能够根据逻辑和理论推导上溯到起点，调整理论预设或假定，从而建立起新的理论，做出新的预言，实现理论创新，甚至完成科学革命——对客观自然的基本原理做出全新的假定，或者重新建构关于自然基本作用的规则。
     相对于还原论，整体论认为任何一个系统的属性是不能被部分属性所决定的。换言之，系统的整体一定是大于部分之和的，整体与部分，部分与部分之间存在一种辩证的对立统一的关系。整体论把一个事物以一个整体的功能做为独立单元进行研究。
     笼统地说，整体论方法是从宏观上观察事物、认识事物、把握事物的一种研究事物的思维方法。它重综合，重从整体上把握事物，重事物的结构、功能和联系。它在研究任何具体事物时，总是居高临下，俯视鸟瞰，把它放到一个包容它的更大的环境系统之中。整体论方法以从宏观上把握事物为核心。相对于十分完善的还原论方法，整体论在方法上尚没有足够的建树，也缺乏实际成效。