SBS：边合成边测序反应，每次SBS会延伸一个碱基，大约耗时70分钟。

Run：单次上机测序反应，可以产生4G-75G测序通量不等。

Lane：单泳道，每条泳道可以直接物理区分测序样品，1次run最多可以同时上样8条Lane。

Channel：Lane的同义词。

Tile：小区，每条Lane中排有2列tile，合计120个小区。每个小区上分布数目繁多的簇结合位点。

Cluster：簇，在Solexa测序技术中会采用桥式PCR方式生产DNA簇，每个DNA簇才能产生亮度达到CCD可以分辨的荧光点。

Index：标签，在Solexa多重测序（Multiplexed Sequencing）过程中会使用Index来区分样品，并在常规测序完成后，针对Index部分额外进行7个循环的测序，通过Index的识别，可以在1条Lane中区分12种不同的样品。

Barcode: Index同义词

Fasta：一种序列存储格式。一个序列文件若以FASTA格式存储，则每一条序列的第一行以“>”开头，而跟随“>”的是序列的ID号（即唯一的标识符）及对该序列的描述信息；第二行开始是序列内容，序列短于61nt的，则一行排列完；序列长于61nt的，则每行存储61nt，最后剩下小于61nt的，在最后一行排列完；第二条序列另起一行，仍然由“>”和序列的ID号开始，以此类推。

Fastq：Fastq是Solexa测序技术中一种反映测序序列的碱基质量的文件格式。第一行以“@”符号开头，后面紧跟一个序列的描述信息；第二行是该序列的内容；第三行以“+”符号开头，后面紧跟的内容与第一行一样，同样是该序列的描述信息；而第四行是第二行中的序列内容每个碱基所对应的测序质量值。

PF%：PF%是指符合测序质量标准的簇的百分比（Multiplexed Sequencing），与测序的通量相关联。

Read：Solexa是成簇反应的，每个簇对应一条DNA序列片段，成为一个read。

转自：http://www.plob.org/2012/12/21/5166.html