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千年基因受邀赴中科院昆明动物所作基因组学术报告

已有 2350 次阅读 2014-11-7 09:16 |个人分类:公司资讯|系统分类:科研笔记| Kim, Macrogen, 千年基因, ChangHoon

     受中国科学院昆明动物研究所的邀请,千年基因总部Macrogen的生物信息总监ChangHoon Kim博士将于117日(星期五)在昆明动物所作全基因组de novo项目的学术报告。届时ChangHoon Kim博士将全面系统地介绍全基因组de novo项目的研究方案,尤其是二代与三代数据整合组装在全基因组de novo项目中的应用,并分享千年基因在该领域取得的科研成果 


基于三代平台PacBio RS II超长读长的优势(平均读长为8-10Kb,千年基因可实现最高读长达40Kb),将三代和二代平台相结合已逐渐成为目前国际上开展全基因组de novo项目的主流趋势。因此,如何利用质量更高的二代数据对三代数据进行校正并将来自多种平台不同长度的各类数据高效整合组装起来,是目前国际上非常具有挑战性的工作,这也直接导致最终组装结果的精度和准确度的差别。 


作为测序行业的领导者,千年基因通过不断地摸索和严格的R&D测试已率先实现二代及三代平台数据的高效整合组装。ChangHoon Kim博士领导的信息分析团队对已完成的多个基因组项目增加了PacBio RS II长读长测序数据后重新进行组装,并根据物种基因组大小、序列重复度、杂合度等不同的基因组特点,对多个分析软件进行了大量摸索及参数调试,最终成功实现了对多个平台数据的高效整合组装,ContigScaffold数量可显著减少至原来的1/10-1/30不等,并且对很多细菌基因组能够成功实现0 gap 


昆明动物所近年来开展了大量物种的全基因组测序项目,并汇集了诸多基因组学领域的专家。ChangHoon Kim博士将在本次报告中与该单位的基因组学专家共同探讨二代和三代平台相结合开展全基因组de novo项目的必要性和趋势性,并为今后双方合作开展的基因组项目奠定研究思路。


来源:千年基因官网:千年基因受邀赴中科院昆明动物所作基因组学术报告




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1 梁红斌

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