CiteSpace在单个时间分区按阈值控制网络节点数量，满足阈值条件的引文才被可视化，有Top N、TopN%、ThresholdInterpolation、SelectCiters共4种设定方式。Top N选取被引次数最高的N个引文，TopN%先按被引次数排序再按百分比（N%）选取引文，这两种方式各时间分区的阈值完全相同。阈值插值（Threshold Interpolation）从被引频次c（citation）、两篇文献的共被引频次cc（cocitation）和共被引系数ccv（cosinecoefficient）三个层次设置阈值，其中ccv计算公式为，其中cc(i,j)是文献i和文献j的共被引次数，c(i)和c(j)是各自的被引次数，例如在某个时间分区里，文献i和文献j共被引2次，文献i被引4次，文献j被引3次，则ccv=2/sqrt(4×3)≈0.577。它在整个时间跨度的第一个、中间一个、最后一个时间分区分别设定阈值锚点，其余时间分区的阈值利用线性插值算法来计算，实现了不同时间分区阈值的个性化。选择施引文献（Select Citers）先根据引文记录中的TC字段值筛选施引文献，然后需再用Top N、TopN%、ThresholdInterpolation中其中一种方法作为阈值筛选施引文献中的参考文献。阈值调谐可依据Citespace软件界面左下角（Space Status和Process Reports）数据处理报告的选中的引文数量、节点数和连接数量进行调整，确定合理的阈值需要进行反复的试算和比较。软件界面左侧Space Status文本框中space栏对应数值为该时间分区内引文的有效参考文献数目，题录字段缺失及重复的参考文献不计入，nodes指满足阈值条件的参考文献数目。Process  Reports中Records within the chosen range的值指有效的引文数量，缺少参考文献的引文不记数。