2015年的分子标记使用格局发生了一个有意思的变化，线粒体基因的使用在经过之前的下降之后，重新开始上升，而核基因rDNA则连续第二年下降，线粒体基因的使用频率首次高于核基因rDNA（图1）。不过如果考虑历史上已经形成的数据积累，核基因rDNA已有的数据量可能仍然是最多的。

      在高级阶元系统发育研究中，全长核基因rDNA的可用长度一般5-6kb，相对线粒体基因组来说较短，仍然存在一定的受随机误差影响的可能性；而线粒体基因组虽然全长14kb以上，但是控制区和12S、16S进化偏快，信号主要由蛋白质编码基因贡献，并且线粒体基因受类群选取变动的影响较大。由于核基因rDNA和线粒体基因组各自的特点，未来联合这两类基因的研究方案或许较为稳妥，几年之内在案例数量方面被基于核基因组和转录组的基因组系统发育研究超越的可能性不大。

图1.    1996-2015年的20年间主要序列分子标记在系统发育重建中的使用简况（数据源于web of knowledge）