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Scinote部署笔记

已有 3120 次阅读 2021-4-6 21:26 |系统分类:科研笔记

分析方法验证是指检验方法在检验之前部署到设备上的实验室常规工作。现有的样品范围比较多,工作量大,尤其是众多分析方法验证方案设计,数据分析,还涉及多人参与。任务分解,工作量评估一直不是很客观。Eln(电子实验记录)是很好的工具。

主要对比过的eln包括:Scinote,elabftw,labtrove,最后选择了Scinote。

SciNote是一个开源的ELN(Electronic Lab Notebook), Github可以搜索到其代码和页面,我申请过其服务,但验证码国内不支持因此可以在本地部署。

Scinote部署的问题是:相关资料偏少,主要就靠其wiki。中间正好遇到了mimemagic 惨案,我就没法用稳定版(所用的mimemagic 0.3.5已经无法从rubygem下载,无法构建成功),下载的是最新版本:1.21.6.

在ECS上按照wiki的说明进行了安装:
make config-production
make docker-production
make database-production(会出现无法连接postgres数据库问题,主要是posgres账号必需设置有密码,自己在docker-compose.production.yml中加一下环境变量就可以,加完后自己docker-compose run db一下看是否已经可以连接上)

启动服务:docker-compose -f ./docker-compose.production.yml up -d,此时在http://XXX:3000 网上就可以看到你要的界面。

Scinote的用法可以在这儿看到详细的介绍:https://www.lablynxpress.com/index.php?title=Category:SciNote_Manual




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