健康人胃肠道中的真菌

在健康人的肠道中检测到多种真菌；然而，近一半的分类群只在一个样本或一项研究中发现。能够在肠道内生长和定植的真菌仅限于少数种类，主要是念珠菌酵母和双峰酵母科的酵母（半乳酵母菌、地霉、无柄酵母）。马拉色菌和丝状真菌枝孢菌是潜在的定植菌；他们对人体的作用目前还不了解，需要做更多的工作来澄清他们的作用。其他常见的真菌来自饮食或环境，但不能或不定植（青霉和脱巴酵母菌属，它们在发酵食品中很常见，但不能在人体温度下生长），而其他真菌则有饮食或环境来源（酿酒酵母，一种发酵剂，有时是益生菌；曲霉属，无处不在的霉菌）可能会影响肠道生态。肠道真菌群落似乎不如细菌群落稳定，并且可能受到环境因素的影响。

动物的胃肠道为生物提供了一个有吸引力的生态位，这些生物已经进化到能够承受其独特挑战的地步。宿主摄入的营养物质供应稳定，无需寻找食物。在肠道中，外层粘液层允许定植，并提供营养丰富的栖息地，而稠密的内层粘液层将定植微生物与肠上皮中密集的免疫细胞分离。为了利用这些资源，生物体必须具备耐受肠道条件的能力：缺氧、有生理温度、肠内容物的蠕动收缩和随后的运动、pH值可变，从高酸性胃到碱性肠粘膜（Hallen-Adams and Suhr. 2017）。  

自从细菌理论被发展和接受以来的大多数年里，人类相关微生物的研究都集中在病原体上。尽管人类与其肠道微生物群之间存在共生和共生关系已有一个多世纪的历史，但基于培养的方法排除了对除最易驯服的生物体以外的任何生物体的研究。基于非培养PCR的方法的发展彻底改变了对整个健康人体微生物组的研究。世纪之交，启动了多个大型国际健康人体微生物组项目。随着下一代测序技术成本的降低和能力的提高，微生物组项目现在对单个研究者来说更加可行。微生物组对整体健康的贡献现在被广泛接受和研究。

健康的人类肠道微生物群包含所有生命领域的成员，真核生物主要由真菌和原生生物（在某些群体中，尤其是囊胚）代表。真菌组分与细菌相比，真菌生物群落很少受到关注，

许多真菌已经从人类肠道中被报道，但很少是常见的。从1917年到2015年的36项研究中，使用了大量基于培养和非基于培养的方法，详细描述了267种不同的有效物种。只有一项研究报告了200种，即近75%。在2项研究中报告了另外37种，在5项或更多研究中仅报告了15种。当研究涉及多个样本时，观察到类似的趋势：可能观察到许多物种，但大多数仅在单个样本中检测到。Hallen-Adams and Suhr的实验室的研究从60名受试者的85个样本中鉴定出97个不同的真菌类群。48个分类群仅限于一个样本，而14个分类群出现在10个或更多样本中。大多数很少发现的分类群不太可能在肠道生态或宿主健康中发挥作用。

肠道真菌群落研究中最常见的真菌有：

泰索纳

念珠菌

白色念珠菌

热带假丝酵母

假丝酵母菌副丝酵母菌病

光滑假丝酵母

克鲁西假丝酵母

卢西坦假丝酵母

酵母菌

酿酒酵母

青霉

青霉菌。公社

曲霉菌

曲霉aff。花色

隐球菌

马拉色菌

球形马拉色菌

限制性马拉色菌

厚皮马拉色菌

枝孢菌

枝孢菌。草本植物

半乳酵母菌

地霉属

腐败菌

汉森德巴利酵母

毛孢子