胃肠道微生物群组成

目前对胃肠道微生物群组成的看法与分子革命之前大不相同。最重要的是，显然还有许多胃肠道微生物尚未培养，这尤其与属于厚壁菌门的系统发育不同的细菌群有关。此外，一些基于培养研究的细菌类群已被确认为胃肠道优势属，并被重新分类和命名。最值得注意的是，这与类杆菌属有关，这些类杆菌属已被重新分类为阿利斯蒂普斯属、普雷沃菌属、副雷沃菌属、副杆菌属和气味杆菌属。此外，很明显，在人类胃肠道中，拟杆菌门的不同成员占优势，而非狭义拟杆菌属。此外，在以培养为基础的研究中证明的消化链球菌属的丰度，主要可归因于产品消化链球菌。然而，SSU rRNA基因分析表明，该物种不属于消化链球菌属，该物种首先被重新分类为产反刍肠球菌，最后被分类为产Blautia。今天，很明显，与消化链球菌相比，布氏杆菌形成了人类胃肠道中最丰富的类群之一。许多其他所谓的优势属仍然需要重新分类，最好的例子是梭状芽孢杆菌属，对其进行详细的系统发育分析后，Collins等人建议将其分为19个类群（Collins et al.，1994）。梭状芽胞杆菌属的细菌在成人胃肠道中非常丰富，尤其是在梭状芽胞杆菌簇IV（瘦肉群，主要成分是瘤胃科）和梭状芽孢杆菌簇XIVa（球虫科的一个类群，类似于鞭毛虫科。此外，瘤胃球菌属是多系或近系的，其成员分为两个科-瘤胃球菌科和羊肠球菌科。最近的一项宏基因组研究报告称，瘤胃球菌属的丰度是微生物群拟议的肠型状态之一的驱动因素。然而，由于目前的宏基因组分析不能提供准确的系统发育信息，目前尚不清楚瘤胃球菌属的两个不同类群中，哪一个是这种肠型状态的实际驱动因素。这个例子说明了在系统发育框架中对微生物群分析进行系统和详细介绍的必要性。

Collins等人在1994年10月的《国际细菌系统》发表了他们的文章“梭状芽孢杆菌属的系统发育：五个新属十一个新种组合的提出”。他们用PCR直接测序法测定了34株已命名和未命名梭状芽胞杆菌的16S rRNA基因序列，并与80余个已测定的梭状芽胞杆菌序列和其它低G+C含量革兰氏阳性属代表种的已发表序列进行了比较，从而提供了梭状芽胞杆菌的谱系关系的几乎完整的图片。他们的系统发育分析结果证实并扩展了以前的研究结果，表明梭状芽孢杆菌属是非常异质的，许多种在系统发育上与其他孢子形成属和非孢子形成属混杂在一起。他们提出梭状芽胞杆菌属显然需要大的修订，该研究和以前的研究中确定的rRNA结构可能为将来的分类重组提供良好的基础。根据表型和系统发育数据讨论了重组的问题和不同的可能性，并提出了梭状芽孢杆菌及其近亲可能的层次结构。根据表型标准和系统发育分析结果，提出了以下5个新属和11个新组合：

1.   Caloramator gen. nov., with Caloramator fervidus comb. nov.;

2.   Filifactor gen. nov., with Filifactor villosus comb. nov.;

3.   Moorella gen. nov., with Moorella thermoacetica comb. nov.;

4.   Moorella thermoautotrophica comb. nov.;

5.   Oxobacter gen. nov., with Oxobacter pfennigii comb. nov.;

6.   Oxalophagus gen. nov., with Oxalophagus oxalicus comb. nov.;

7.   Eubacterium barkeri comb. nov.;

8.   Paenibacillus durum comb. nov.;

9.   Thermoanaerobacter kivui comb. nov.;

10.  Thermoanaerobacter thermocopriae comb. nov.;

11.  Thermoanerobacterium thermosaccharolyticum comb. nov.