博文
迎接千美元个人基因组时代
|
| 迎接千美元个人基因组时代 |
| 《自然》解码美测序新“神器” |
HiSeq X Ten售价至少1000万美元。
图片来源：Business Wire
价值1000美元的基因在这里，或者说美国加州圣迭戈基因测序技术公司Illumina在这里。在近日举行的健康投资者会议上，Illumina公司首席执行官Jay Flatley宣布，他的公司今年将推出一个名为HiSeq X Ten的新体系，它能够提供“不超过1000美元的人类基因组完全覆盖”。如今，《自然》杂志对该声明进行了评价。
之前人们也曾听说过1000美元基因组测序，这种技术不是已经有了吗？
美国生命科技公司、英国牛津纳米孔公司等其他公司之前也表示，它们将出售基因测序技术，售价为1000美元或更低。相关技术无论是否能推动测序成本低于1000美元目标的实现，都已被证明是一块难啃的硬骨头。
为何人们关心1000美元的基因测序？
首个被测序的人类基因花费了近30亿美元，但是随着测序成本大幅下降，医生开始使用一些患者的基因测序结果改善疾病治疗方法。但是科学家认为，他们需要测序成百上千甚至数百万人的基因，才能真正了解基因是如何影响疾病的，以便开发更好的药物和疗法。他们指出，1000美元基因使大型基因测序研究成为可能，这些研究将能带来个性化用药的突破。
所谓的HiSeq X Ten将能做什么？
HiSeq X每3天能够产生超过1.8 万亿碱基对的数据。因此Illumina公司表示，每个HiSeq X Ten每年能够测定1.8万个人类基因组。每个基因将按照30x的黄金标准进行测序，即每个碱基将被机器平均读取30遍。
这是多大的一件事？
一些基因研究人员表示，这是一个里程碑。“这是人类的一个重要成就，可以与望远镜或微处理器相媲美。”美国纽约冷泉港实验室定量生物学家Michael Schatz说。
每个人都能使用吗？
当然不是。HiSeq X Ten系统只是作为至少10个HiSeq X系统的结合物来使用，总成本至少1000万美元。很少有顾客拥有能使投资有价值的样本量。“如果你开始玩这个游戏了，这是个好交易。”麻省理工学院和哈佛大学布罗德研究所测序项目联合主任Chad Nusbaum说，“就像高赌注的扑克牌：如果你玩200美元面值的筹码，买不起这些筹码的人是不会关心的。”
为什么人们应该相信Illumina公司？
HiSeq X Ten可能不会立刻在1000美元以内测序人类基因，但是它将十分接近这一目标。Flatley将HiSeq X Ten测序成本分解成：运行机器所需要的费用（每个基因797美元），设备本身的折旧成本（每个基因137美元），操作机器和准备测序样本的技术员费用（每个基因55~65美元）。但它排除了学术中心必须支付的管理费用，例如运行机器所需电费等。
它们是如何做到的？
Illumina公司高级副总裁Christian Henry表示，与现在的HiSeq 2500系统相比，HiSeq X包含4项提高。HiSeq 2500的马达是流量池，能够储存复制自测序样本的亿万个体DNA模板。这些模板中的DNA被研究人员用荧光染料进行了标示，这样就能被相机拍摄照片，成像结果能用于分析从而发现每个基板的同一性。
但是，HiSeq 2500同时也会随机粉碎贯穿流量池的DNA模板，HiSeq X包含一个有序排列的“纳米井”储存DNA模板。这意味着这些模板能被更稠密地聚集在流量池里，使机器能够读取更多的数据。Illumina公司还想出一种提高大部分“纳米井”中的同一DNA模板集群的方法，以便进一步提高速度。最终，该公司添加了一台更高速的照相机和新的聚合酶，以实现DNA模板更快速的测序反应。
这会对测序市场产生何种影响？
HiSeq X Ten似乎直接针对中国的测序巨头深圳华大基因。华大基因正试图将自己建设成测序服务提供商，去年，该公司收购了完整基因公司，瞄准了外包基因组序列领域。Nusbaum预计华大基因提供的基因价格在较低的数千美元。
Flatley也宣布开发出了一种新的桌面测序设备——NextSeq 500。这台设备售价25万美元——能比得上离子激流测序公司的台式测序仪（Ion Proton），并且这似乎是Illumina公司专为与Ion Proton竞争所设计的。但是，迄今为止，Illumina公司都没有针对牛津纳米孔公司开发出的技术采取行动。后者正致力于让自己的设备不仅能快速、便宜地测序人类基因，也能满足测序微生物等其他使用者的需求。
因此，尽管新的桌面测序设备可能巩固Illumina公司在中高端测序市场所占份额，但是科学家仍在渴望有设备能更快速便宜地测序所有东西，并且所有人都能使用。（张章）
《中国科学报》 (2014-01-21 第2版 国际)
https://blog.sciencenet.cn/blog-1208826-761051.html
上一篇：解密气候科学最大谜团 赤道东太平洋冷却导致“全球变暖间断”
下一篇：中科院青藏高原地球科学卓越创新中心成立
扫一扫，分享此博文
全部作者的精选博文
- • 迷你器官 小中见大
- • 谁下了这篇盗版论文？
- • 登上霍金友谊的小船
- • 你的家其实是个“动物园”
- • 生儿子或减寿
- • 根治痼疾，创造自由的学术环境