生物信息学习的正确姿势

NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析 （Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析 （ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step)）、批次效应处理等内容。

使用windows系统时，如何获取一个大小为1M的文件的行数呢？一般是选择用excel或notepad++等软件打开文件，然后查看最后一行的行号，那如果是想快速获取一个大小为1G的文件的行数呢？或是想快速获取100个大小为1M的文件的行数呢？这两个问题以我对windows浅显的知识就很难解决，但是换个方向如果是在Linux系统中这两个问题是不是就迎刃而解了呢？那美滋滋地想一下如果windows系统中也能用Linux命令那我的效率岂不是要起飞？

能不能起飞先不说，但是windows系统中使用Linux命令可是非常简单，只要下载一个软件Git for windows，常见的Linux命令都可以直接使用了。下面整理了Git for windows使用的基础教程、进阶教程、技巧，大家可以根据自己需要选择查看。

Git for windows 使用基础教程

首先就是安装Git for windows，大家可以直接从软件官网或在公众号输入git来获取最新版的软件安装包，然后双击安装包安装就可以了。安装非常简单，大家全程点击Next就可以了。

安装好后我们可以在windows文件管理器中一个文件夹内或在桌面中点击鼠标右键，点击Git bash Here，就可以进入到Git bash界面输入常用的Linux命令了。(不知道的输入什么，看下这个为生信学习打造的开源Bash教程真香！！（目录更新）！)

Git for windows 使用进阶教程

通常使用Rstudio是为了更方便地使用R，但是Rstudio的Terminal在装了Git for windows也能派上用场了。

首先我们需要在Rstudio的Global Options中设置Terminal对应Git Bash。

然后我们在Rstudio的Tools选择New Terminal，就可以看到出现了一个有彩色字母的Terminal界面，并且命令行最前面以$开头，这个界面就和我们之前打开的Git Bash界面一样，都可以输入Linux命令。

然后我们就可以在Terminal里输入Linux命令了。（温馨提示一下，Rstudio的Console中是输入R的代码，Terminal如果指定了Git bash就可以输入Linux命令，大家不要混淆哦!）

不过如果在Terminal中出现输入常见的命令，代码报commond not found的错误时，我们就需要存放Git中的Linux命令的文件夹完整路径（使用默认安装装的位置是”C:\Program Files\Git\usr\bin”）放到系统环境变量中，然后重开Rstudio的Terminal就没有问题了。

其他 Git for windows 使用技巧

wget功能拓展使用

我们可以通过查看上面提到的存放Git中的Linux命令的文件夹，来了解Git可以使用哪些Linux命令。

ls /usr/bin/*.exe

wget是下载文件利器，如果我们知道文件下载地址我们就可以直接在命令行使用wget下载，而Git for windows 提供的可以使用的Linux命令并不包括wget。所以下面介绍怎么扩展wget的功能。

其实也很简单，就是在 https://eternallybored.org/misc/wget/ 下载wget软件的安装包。

然后用解压软件把安装包下所有文件解压到存放Git中的Linux命令的文件夹（注意解压后wget.exe这个文件要放在Git安装目录的usr/bin/目录下），当然也可以解压到别的文件夹，但要注意的是都要把wget.exe这个文件的文件夹的完整路径放到环境变量里。

下面我们看看怎么把wget.exe所在的文件夹路径放到环境变量里。

对环境变量中的Path变量进行编辑，然后点击确定，之后打开Git bash就可以使用wget了。

迅速打开进入某个文件夹的Git bash

Git bash有一个好处是因为在某个文件夹中打开的Git bash here，所以打开的Git bash的所在位置都是文件夹的位置，然后可以通过cd来切换位置，但是如果我们每次都是要进入一个固定文件夹来打开Git bash，但是这个文件夹所在的目录层级太多，这时候有没有什么快捷方式呢？

大家可以先对Git安装目录下的git-bash.exe文件建立一个快捷方式。

然后把快捷方式放到桌面上，可以看到这时候打开快捷方式是进入的根目录—/，就对应着Git的安装目录。

修改快捷方式的属性中的起始位置为自己想要的文件夹位置

然后打开快捷方式后就发现现在进入的就是修改后的文件夹位置了

Git bash查看中文

如果一些文件或文件夹使用中文命名，直接用ls来查看很容易出现乱码，不方便查看。

我们来看下怎么解决因为中文导致的乱码问题。首先在Git bash标题框处点击右键，选择Options选项，然后点击Text，修改Git bash使用的字符类型。

我们选择Character set中的字符类型中的UTF-8，然后点击save来保存修改。

现在我们再来使用ls来查看文件，中文就正常显示了。