博文
免费Linux系统和生信宝典原创学习教程
|||
生物信息的学习离不开Linux系统，不管自己写命令处理数据，还是使用现有的工具。Linux对我们来讲最重要的是它强大的命令行功能，可以快速、批量、灵活的处理数据的提取、统计和整理等耗时耗力的重复性工作。事实上在日常生信分析中，多数整理工作也都是用Linux命令的组合完成的，相比于写完整的Python或Perl程序更简便快捷；另外，生信分析用到的工具大都只在Linux下运行，而Linux发行版众多，更新速度不一，软件的安装是一个令人头大的事情。
另外对我们大部分朋友来说，接触电脑一直都是图形界面系统，通过单击、双击打开文件、切换目录、安装运行软件都已经运用的得心应手，对文件路径的概念也不太关注。乍一接触Linux，会对其组织逻辑不适应，生信宝典公众号最开始推出Linux教程就是关于文件和目录的描述，以及与Windows系统的对应，方便做一个快速切换。
文后列出的Linux教程是属于比较精简的生信工作者常用的命令和命令组合。与传统的Linux书籍不同的地方有两点，
摒弃大部分用不到的Linux命令，只保留生信常用的，学习起来更有的放矢。
增加生信实战中Linux命令的组合，这是通用Linux教程中所没有的。通用教程只会提供一块块砖，我们是提供组合好的模块，直接可以应用，避免只见树木不见森林。
教程有了，还需要一个练习的环境。如果不熟悉Linux时自己安装是比较麻烦的，所以可以借助在线免费平台进行练习。这又体现了我们的教程的又一好处，测试数据自带于教程中，不依赖外部数据的导入，保证了自身的完整性。
linuxzoo
访问网址：http://linuxzoo.net/，按下图生信宝典录制的动画所示用邮箱注册，注册完之后理解可以使用。收到激活邮件点击后，可永久使用。
注册后，按图示点击选择喜欢的操作系统，这里选的是默认的Centos，然后就可以connect。最简单的打开方式是直接在浏览器打开使用, 点击JScript Telnet即可跳转登录界面。如果用根用户登录，输入用户名root和密码secure。其它用户名和密码都在首页展示，自己查询即可获得。
linuxzoo优点是有根用户权限，缺点是不能连接外网，但不影响我们大部分代码的练习。
CODENVY
访问网址：http://codenvy.io/，也需要先注册，如果有Github和谷歌账号的话，可以直接登录。然后按图示Create Workspace，任选一个STACK就可以，都是基于Ubuntu系统的，然后等待完成初始化，即可使用了。
优点是有根用户权限，同时可以连接外网。
教程合集
后台回复 "生信宝典福利第一波" 获取完整版教程。
系列教程
Linux
更多阅读
https://blog.sciencenet.cn/blog-118204-1137085.html
上一篇：2018 Cell系列相变最强综述，未来已来，你在哪？
下一篇：Excel改变了你的基因名，30% Nature文章受影响,NCBI也收到波及
