望峰息心分享 http://blog.sciencenet.cn/u/ibmstt

博文

Windows下如何安装PyMOL

已有 40081 次阅读 2015-2-4 14:49 |个人分类:工作|系统分类:科研笔记| Protein

Note1. 整个安装过程主要参考下述网页: http://www.pymolwiki.org/index.php/Windows_Install

Note2. 需要首先安装Python2.7和vcpython2.7(即Microsoft VC++ Compiler for Python, 浏览器中打开http://aka.ms/vcpython27下载安装), 然后在Python2.7的环境下安装Pip, numpy, setuptools等模块,最后从http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol页面下载PyMOL的安装文件whl,利用pip进行安装。


详细步骤如下(Suppose vcpython27已安装):

1. 安装Python2.7 官方下载地址: https://www.python.org/download/releases/2.7.5/ 我安装在C盘根目录下,生成安装目录为 C:Python27 

2. 从 http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pip 下载pip安装文件pip‑6.0.7‑py2.py3‑none‑any.whl ,放在Python根目录中。打开cmd窗口,执行

python.exe pip-6.0.7-py2.py3-none‑any.whl/pip install pip-6.0.7-py2.py3-none‑any.whl

安装pip到C:Python27Scripts

3. 命令行进入C:Python27Scripts目录,依次执行pip install pmw,pip install numpy和pip install setuptools,安装pmw,numpy和setuptools模块。
4. 从http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol下载相应的Pymol安装文件,放入C:Python27Scripts目录。因为是64位windows和python27,所以下载的是pymol-1.7.2.1-cp27-none-win_amd64.whl和pymol_launcher-1.0-cp27-none-win_amd64.whl。

5. cmd窗口执行

pip install pymol-1.7.2.1-cp27-none-win_amd64.whl

安装pymol,安装时间比较长,安装完之后在scripts文件夹下生成pymol.cmd文件,双击运行即可打开pymol运行窗口。

执行

pip install pymol_launcher-1.0-cp27-none-win_amd64.whl

安装pymol launcher,安装时间很短,安装完后在Python27目录下生成PyMOL.exe文件,双击打开PyMOL的运行主窗口。

6. 双击scripts文件夹下的pymol.cmd即可打开pymol运行窗口。

另外,锦上添花的步骤(在运行PyMOL时安装/加载plugins):
8. 解压到: C:Python27Libsite-packagespymolpymol_pathPymol-script-repo 确认文件名和路径完全正确。

9. 打开记事本程序把下面的代码粘贴进去:


# Add paths to sys.path so PyMOL can find modules and scripts

import sys, os

pymol_git = os.path.abspath(os.path.join(os.environ['PYMOL_PATH'], 'Pymol-script-repo'))

os.environ['PYMOL_GIT_MOD'] = os.path.join(pymol_git,'modules')

sys.path.append(pymol_git)

sys.path.append(os.environ['PYMOL_GIT_MOD'])

 

# Make setting changes to Plugin Manager

import pymol.plugins

pymol.plugins.preferences = {'instantsave': False, 'verbose': False}

pymol.plugins.autoload = {'apbs_tools': False}

pymol.plugins.set_startup_path([os.path.join(pymol_git, 'plugins'), os.path.join(sys.prefix, 'Lib', 'site-packages', 'pmg_tk', 'startup')])

pymol.plugins.preferences = {'instantsave': True, 'verbose': False}


然后将文件存为:File->Save as->All files-> C:Python27Libsite-packagespymolpymol_pathrun_on_startup.py 

10. 再次打开PyMOL,从主菜单的Plugins选项就可以安装和运行plugins了。

DIY的哦,不收费~




https://blog.sciencenet.cn/blog-1181151-865515.html


收藏 IP: 202.38.153.*| 热度|

0

该博文允许实名用户评论 评论 (1 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-5-30 05:02

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部