1776年，与肖尼人结盟后的切诺基人，在考恩•斯陶克的率领下，进攻了位于南卡罗来纳﹑乔治亚﹑维吉尼亚，及北卡罗来纳的殖民定居者，是为“第二次切诺基战争。“山顶切诺基人”（Overhill）的南希•沃德以即将进攻警告定居者，南卡罗来纳省（当时为殖民地省）军队进行了报复性反击，摧毁了超过五十个切诺基人城镇。北卡罗来纳民兵于1776年和1780年进犯和摧毁了“山顶切诺基人”的城镇。1777年，残存的切诺基人城镇的首领与美国签订了条约。

   “拖独木舟”（Dragging Canoe，切诺基人战争首领）及他的部族居住在今天田纳西州查塔努加附近的奇克莫加（Chickamauga）河沿岸一带，他们在那里建立了十一个新的城镇。奇克莫加镇是他的总部所在地，他的整个部族也被称为“奇克莫加人”。“拖独木舟”在这里领导了与殖民者进行的称做“奇克莫加战争”（1776年至1794年）的游击战。1794年11月7日签订的《特里考条约》结束了这场战争。1805年，切诺基人割让了他们位于鸭子河和坎伯兰河（Cumberland）（即坎伯兰高原）到田纳西之间的土地。

       18世纪切诺基人中的苏格兰人（及其它欧洲人） 与东南地区部落和切诺基人打交道的商人和英国政府代理，几乎都是苏格兰人，尤其是来自“高地”的苏格兰人。只有少数的苏格兰-爱尔兰人，英格兰人，法国人，甚至德国人。很多来自她们宗主国的已婚妇女在战争结束后留了下来，一些当了父亲的人后来也成为出色的领导者。

       切诺基人中著名的商人，代理，和保守党难民包括：约翰•斯图亚特，亨利•斯图亚特，亚历山大•卡麦隆，约翰•麦克当诺，约翰•约瑟夫•范（詹姆斯•范的父亲），丹尼尔•罗斯，约翰•沃克，威廉姆•布坎南，约翰•瓦特斯，约翰•本格，托马斯•布朗，约翰•罗杰斯，詹姆斯•阿德尔，威廉姆•特普﹒﹒﹒有的还做了少数民族首领或邦部的重要成员。

       19世纪的“文化互渗” 田纳西与查特胡奇（Chattahoochee）河之间的切诺基人土地，在“奇克莫加战争”之后，因为距白人定居地甚远而还能够保持独立状态。鹿皮贸易在他们大量缩减的土地上也变得不可行了，接下来的几十年间，切诺基民族也开始仿效美国南部的白人建立了新的社区。

       切诺基人在主要首领“小火鸡”（Little Turkey），“黑狐狸”及“劫路人”（Pathkiller）这些“拖独木舟”的前手下勇士们的带领下，分别于1788-1801年，1801-1811年和1811-1827年建立了“切诺基民族政府”。“切诺基人三巨头”詹姆斯•范，及他的门徒“山脊”和查尔斯•海科思，在教育及现代耕作上提倡“文化同化”。1801年，他们从北卡罗来纳邀请“摩尔多瓦派”教士前来讲授基督教义和“文明生活的艺术”，“摩尔多瓦派”和后来“公理会”的教士们开办了入门学校，挑选了一些学生前往康乃迪克的美国对外关系学院进行培养。

       1806年，开通的连接乔治亚萨万纳（Savannah）与田纳西诺克斯韦尔（Knoxville）间的“联邦高速路”从切诺基人的土地上经过。首领詹姆斯•范开了一家酒馆，一家小客栈和经营查塔胡奇河上的渡船，并在自乔治亚雅典镇到纳什韦尔（Nashville，田纳西州府）的公路支线附近建造了棉花种植园。他的儿子理查乔•范把种植园发展到八百英亩大，蓄养了一百五十个奴隶，他出口棉花到英格兰，并在田纳西河上拥有一艘蒸汽船。

       在1812战争（即“第二次英美战争”）中的克里科战争中，切诺基人与美国结为了同盟，对抗亲英的“红棍”印第安人，少校里基率领的切诺基战士在安德鲁•杰克逊将军指挥的“马蹄弯战斗”胜利中起了主要的作用。里基上校随后把他家搬到了乔治亚的罗马镇，在那里他建造了一座巨大而坚固的房屋，开发了一个大型的种植园，并在乌斯坦诺拉（Oostanaula）河上经营渡船。他本人从来没有学过英语，他却把他的儿子和外甥送到了新英格兰地区的教会学校接受教育。他的代言人﹑门徒约翰•罗斯（John Ross）酋长，是切诺基女人和苏格兰皮草商人的后代，罗斯建造了一个种植园，经营着一家培训公司和田纳西查塔努加河船渡。在这个时期，一些新的群体，在“文化互渗”出的精英和固守传统的切诺基人中崛起。