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单因素方差分析之R篇

已有 20049 次阅读 2013-11-4 10:12 |个人分类:R|系统分类:科研笔记| 方差分析



程序代码如下:

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######### 代码清单   #########
  
#### 建立数据集df ####
yield <- scan()
 24 30 28 26
 27 24 21 26
 31 28 25 30
 32 33 33 28
 21 22 16 21
   
Treat <- rep( paste("A", 1:5, sep = ""), rep(4, 5) )
df <- data.frame( Treat, yield)
  
######## 方差分析  #####
fit <- aov(yield ~ Treat, data = df)
summary(fit)


运行结果如下:

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> summary(fit)
           Df Sum Sq Mean Sq F value   Pr(>F)    
Treat        4  301.2   75.30   11.18 0.000209 ***
Residuals   15  101.0    6.73                    
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

当F检验显著或极显著时,就有必要进行处理平均数两两之间的比较,以判断不同处理平均数之间的差异显著性。这种多个平均数两两间的相互比较称为多重比较(multiple comparison)。

运行结果如下:

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##### 多重比较之ducan 方法  ####
library( agricolae )
duncan.test( fit, "Treat", alpha = 0.05 )
 
##### 运行结果 #####
> duncan.test( fit, "Treat", alpha = 0.05 )
  
Study:
Duncan's new multiple range test for yield
  
Mean Square Error:    6.733333
  
Treat,  means  
  
  yield  std.err replication
A1  27.0 1.290994           4
A2  24.5 1.322876           4
A3  28.5 1.322876           4
A4  31.5 1.190238           4
A5  20.0 1.354006           4
  
alpha: 0.05 ; Df Error: 15
Critical Range
      2        3        4        5
3.910886 4.099664 4.216980 4.296902
  
Means with the same letter are not significantly different.
  
Groups, Treatments and means
a    A4    31.5
ab   A3    28.5
b    A1    27
b    A2    24.5
c    A5    20

由结果可知,A4显著高于A1、A2和A5,但与A3之间无显著差异。




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