update()用于更新运行新模型，其可简化程序代码，AFEchidna包里的update()要比传统的功能更为强大。

示例1，在某个性状分析基础上，进一步进行单性状的批量分析：

// A simple case

res11<-echidna(fixed=h3~1+Rep,

               random=~Fam,

               residual=NULL,

               es0.file="fm.es0")

假设上述模型各项为最优项，现基于此，再扩展至其它更多性状：

// A simple case

res11.bth <- update(res11,

                    trait=~h1+h2+h3,

                    batch=T)

上述运行结果，可以直接获取方差分量和计算遗传参数：

// A simple case

> Var(res11.bth)

V1-Residual; V2-Fam

Converge: 1 means True; 0 means FALSE.

        V1      V2  V1.se  V2.se Converge maxit

h1   52.80  12.062  2.693  3.020        1     5

h2  746.91  45.493 38.125 18.895        1     4

h3 1818.30 104.040 92.805 44.645        1     4

> pin(res11.bth,mulp=c(h2~V2*4/(V2+V1),

+                  Vp~V2+V1),signif=T)

results as following: 

pin formula: 

h2 ~ V2 * 4/(V2 + V1)

Vp ~ V2 + V1

terms:  V1-h2; V2-Vp

      V1       V2   SE1    SE2 Siglevel1 Siglevel2

h1 0.744   64.858 0.157  3.926       ***       ***

h2  0.23    792.4 0.092 40.099        **       ***

h3 0.216 1922.343  0.09 97.014        **       ***

---------------

Sig.level: 0'***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 'Not signif' 1

> IC(res11.bth)

    DF parNO     LogL     AIC     BIC

h1 822     2 -2093.60 4191.19 4200.62

h2 822     2 -3160.22 6324.45 6333.87

h3 822     2 -3525.12 7054.24 7063.66

而传统单性状的批量分析代码为：

// A simple case

res21<-echidna(trait=~h1+h2+h3,

               fixed=~1+Rep,

               random=~Fam,

               residual=~units,

               batch=TRUE,

               es0.file='fm.es0')

相比之下，update()代码大大简化了，只需加上参数trait和batch：

// A simple case

res11.bth <- update(res11,

                    trait=~h1+h2+h3,

                    batch=T)

AFEchidna包免费对外开放，仅用于学术研究，不可用于商业研究，否则造成的后果自负。

感兴趣者，可通过博文AFEchidna包的在线安装进行AFEchidna的在线安装。

参考文献：

Zhang WH, Wei RY, Liu Y, Lin YZ. AFEchidna is a R package for genetic evaluation of plant and animal breeding datasets. BioRxiv. DOI: 10.1101/2021.06.24.449740.

代码显示更合理，请见链接：https://blog.csdn.net/yzhlinscau/article/details/120617342