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前段时间,我因打算在林业科学投稿,就找了篇该刊论文,作为格式参考。最近,在细看一下该篇的数据分析部分,却发现了一些值得商议的小细节。声明一点,本人对该论文研究没有任何疑问,也对该论文的所有作者没有任何恩怨,下述的观点,仅是个人从数据分析角度闲聊论文的严谨性。
数据分析方法的描述部分:
对于该篇论文的这种数据,国际主流方法一般都已经用线性混合模型了,而这里仍然使用普通的线性模型,然后做方差分析,再通过换算获得方差分量。这种做法比较落后。论文作者使用SAS软件,可以直接处理线性混合模型。
上表中的所有值没有标准误,因为有些值非常小(例如一般配合力分量、特殊配合力分量),没有标准误,就无法判断这些值的可靠性。此外,论文的方法部分并未介绍家系遗传力(h2f)是如何计算的。SCI论文中,一般来说遗传力都是会有标准误的。
很遗憾该表的相关值,依然没有标准误,且如何计算的,论文的方法部分介绍非常模糊。“相关性分析在SPSS软件中完成。”,这有点奇怪,SAS可以完成,却用SPSS来作?SPSS如何实现遗传相关分析,我表示很感兴趣。此外,年抽梢次数与其它性状的遗传相关是如何计算的,包括N、P、K养分,它们不可能是正态分布型数据。再者,该表中的一些遗传相关值都大于1了,作者并未解释出现这种情况的原因。
下面附上本人在澳洲访学时跟Harry wu团队发表的一篇论文,作为参考。只是想做个简单的对比,看看方法描述的严谨性,别无他意。
统计模型的描述:使用线性混合模型。
单株遗传力的计算:
B型遗传相关的计算:
方差分量、遗传力、遗传相关的计算结果:后两个都有标准误,事实上方差分量也有。
加性遗传相关的计算结果:都有标准误。
再细看我们这篇论文,也发现漏了介绍加性遗传相关的计算。不过,在之前的另一篇论文(Lin, Y.Z., Yang, H.X., Ivkovi, M., Gapare, W.J., Matheson, A.C. and Wu, H.X. (2013) Effect of genotype by spacing interaction on
radiata pine genetic parameters for height and diameter growth. Forest Ecology and Management 304, 204–211.),有介绍关于加性遗传相关的计算。
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GMT+8, 2024-11-22 23:10
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