博文
Intel+MKL编译vasp-5.3.5
|||
vasp的编译既简单又复杂——很容易得到执行文件（简单），但是计算速度如何又另说了（真不是夸张）。笔者经过GNU编译的各种坑，最后测试还是Intel编译的并行版本速度最快。以下以5.3.5版本为例，说一下使用Intel Parallel Studio 2017的编译过程*。
系统：CentOS 7
编译环境：Intel parallel studio 2017
其他说明：将vasp.5.3.5.tar.gz和vasp.5.lib.tar.gz放在同一目录下。
Step 1：编译vasp.lib
$ tar -vxf vasp.5.lib.tgz $ cd vasp.5.lib
修改makefile.linux_ifc_P4的编译器如下：
CPP = icc -E -P -C $*.F >$*.f FC=ifort
然后编译vasp.lib，编译完成后回到上级目录:
$ make -f makefile.linux_ifc_P4
$ cd ..
Step 2: 编译vasp-5.3.5
解压：
$ tar -vxf vasp.5.3.5.tar.gz $ cd vasp.5.3
在makefile.linux_ifc_P4基础上修改，笔者这里直接贴出修改后的结果，可以直接拷贝做成一个新的makefile.intel2017:
.SUFFIXES: .inc .f .f90 .F SUFFIX=.f90 FC=mpiifort FCL=$(FC) CPP_ = ./preprocess <$*.F | /usr/bin/cpp -P -C -traditional >$*$(SUFFIX) CPP_=fpp -f_com=no -free -w0 $*.F $*$(SUFFIX) FFLAGS = -FR -names lowercase -assume byterecl -I$(MKLROOT)/include/fftw OFLAG=-O2 -xHost OFLAG_HIGH = $(OFLAG) OBJ_HIGH = OBJ_NOOPT = DEBUG = -FR -O0 INLINE = $(OFLAG) MKL_PATH=$(MKLROOT)/lib/intel64 MKL_FFTW_PATH=$(MKLROOT)/interfaces/fftw3xf/ BLAS= -mkl=cluster LAPACK= LIB = -L../vasp.5.lib -ldmy \ ../vasp.5.lib/linpack_double.o $(LAPACK) \ $(BLAS) LINK = CPP = $(CPP_) -DMPI -DHOST=\"LinuxIFC\" -DIFC \ -DCACHE_SIZE=32000 -DPGF90 -Davoidalloc -DNGZhalf \ -DMPI_BLOCK=64000 -Duse_collective -DscaLAPACK -DMKL_ILP64 FFT3D = fftmpiw.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o /opt/intel/mkl/lib/intel64/libfftw2xf_double_intel.a INCS = -I$(MKLROOT)/include/fftw BASIC= symmetry.o symlib.o lattlib.o random.o SOURCE= base.o mpi.o smart_allocate.o xml.o \ constant.o jacobi.o main_mpi.o scala.o \ asa.o lattice.o poscar.o ini.o mgrid.o xclib.o vdw_nl.o xclib_grad.o \ radial.o pseudo.o gridq.o ebs.o \ mkpoints.o wave.o wave_mpi.o wave_high.o spinsym.o \ $(BASIC) nonl.o nonlr.o nonl_high.o dfast.o choleski2.o \ mix.o hamil.o xcgrad.o xcspin.o potex1.o potex2.o \ constrmag.o cl_shift.o relativistic.o LDApU.o \ paw_base.o metagga.o egrad.o pawsym.o pawfock.o pawlhf.o rhfatm.o hyperfine.o paw.o \ mkpoints_full.o charge.o Lebedev-Laikov.o stockholder.o dipol.o pot.o \ dos.o elf.o tet.o tetweight.o hamil_rot.o \ chain.o dyna.o k-proj.o sphpro.o us.o core_rel.o \ aedens.o wavpre.o wavpre_noio.o broyden.o \ dynbr.o hamil_high.o rmm-diis.o reader.o writer.o tutor.o xml_writer.o \ brent.o stufak.o fileio.o opergrid.o stepver.o \ chgloc.o fast_aug.o fock_multipole.o fock.o mkpoints_change.o sym_grad.o \ mymath.o internals.o npt_dynamics.o dynconstr.o dimer_heyden.o dvvtrajectory.o subdftd3.o \ vdwforcefield.o nmr.o pead.o subrot.o subrot_scf.o paircorrection.o \ force.o pwlhf.o gw_model.o optreal.o steep.o davidson.o david_inner.o \ electron.o rot.o electron_all.o shm.o pardens.o \ optics.o constr_cell_relax.o stm.o finite_diff.o elpol.o \ hamil_lr.o rmm-diis_lr.o subrot_cluster.o subrot_lr.o \ lr_helper.o hamil_lrf.o elinear_response.o ilinear_response.o \ linear_optics.o \ setlocalpp.o wannier.o electron_OEP.o electron_lhf.o twoelectron4o.o \ gauss_quad.o m_unirnk.o minimax_tabs.o minimax.o \ mlwf.o ratpol.o screened_2e.o wave_cacher.o chi_base.o wpot.o \ local_field.o ump2.o ump2kpar.o fcidump.o ump2no.o \ bse_te.o bse.o acfdt.o chi.o sydmat.o \ lcao_bare.o wnpr.o dmft.o \ rmm-diis_mlr.o linear_response_NMR.o wannier_interpol.o linear_response.o auger.o getshmem.o \ dmatrix.o vasp: $(SOURCE) $(FFT3D) $(INC) main.o rm -f vasp $(FCL) -o vasp main.o $(SOURCE) $(FFT3D) $(LIB) $(LINK) makeparam: $(SOURCE) $(FFT3D) makeparam.o main.F $(INC) $(FCL) -o makeparam $(LINK) makeparam.o $(SOURCE) $(FFT3D) $(LIB) zgemmtest: zgemmtest.o base.o random.o $(INC) $(FCL) -o zgemmtest $(LINK) zgemmtest.o random.o base.o $(LIB) dgemmtest: dgemmtest.o base.o random.o $(INC) $(FCL) -o dgemmtest $(LINK) dgemmtest.o random.o base.o $(LIB) ffttest: base.o smart_allocate.o mpi.o mgrid.o random.o ffttest.o $(FFT3D) $(INC) $(FCL) -o ffttest $(LINK) ffttest.o mpi.o mgrid.o random.o smart_allocate.o base.o $(FFT3D) $(LIB) kpoints: $(SOURCE) $(FFT3D) makekpoints.o main.F $(INC) $(FCL) -o kpoints $(LINK) makekpoints.o $(SOURCE) $(FFT3D) $(LIB) clean: -rm -f *.g *.f *.o *.L *.mod ; touch *.F main.o: main$(SUFFIX) $(FC) $(FFLAGS)$(DEBUG) $(INCS) -c main$(SUFFIX) xcgrad.o: xcgrad$(SUFFIX) $(FC) $(FFLAGS) $(INLINE) $(INCS) -c xcgrad$(SUFFIX) xcspin.o: xcspin$(SUFFIX) $(FC) $(FFLAGS) $(INLINE) $(INCS) -c xcspin$(SUFFIX) makeparam.o: makeparam$(SUFFIX) $(FC) $(FFLAGS)$(DEBUG) $(INCS) -c makeparam$(SUFFIX) makeparam$(SUFFIX): makeparam.F main.F base.o: base.inc base.F mgrid.o: mgrid.inc mgrid.F constant.o: constant.inc constant.F lattice.o: lattice.inc lattice.F setex.o: setexm.inc setex.F pseudo.o: pseudo.inc pseudo.F mkpoints.o: mkpoints.inc mkpoints.F wave.o: wave.F nonl.o: nonl.inc nonl.F nonlr.o: nonlr.inc nonlr.F $(OBJ_HIGH): $(CPP) $(FC) $(FFLAGS) $(OFLAG_HIGH) $(INCS) -c $*$(SUFFIX) $(OBJ_NOOPT): $(CPP) $(FC) $(FFLAGS) $(INCS) -c $*$(SUFFIX) fft3dlib_f77.o: fft3dlib_f77.F $(CPP) $(F77) $(FFLAGS_F77) -c $*$(SUFFIX) .F.o: $(CPP) $(FC) $(FFLAGS) $(OFLAG) $(INCS) -c $*$(SUFFIX) .F$(SUFFIX): $(CPP) $(SUFFIX).o: $(FC) $(FFLAGS) $(OFLAG) $(INCS) -c $*$(SUFFIX) fft3dlib.o : fft3dlib.F $(CPP) $(FC) -FR -lowercase -O2 -c $*$(SUFFIX) fft3dfurth.o : fft3dfurth.F $(CPP) $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX) fftw3d.o : fftw3d.F $(CPP) $(FC) -FR -lowercase -O1 $(INCS) -c $*$(SUFFIX) fftmpi.o : fftmpi.F $(CPP) $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX) fftmpiw.o : fftmpiw.F $(CPP) $(FC) -FR -lowercase -O1 $(INCS) -c $*$(SUFFIX) wave_high.o : wave_high.F $(CPP) $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX) wave.o : wave.F $(CPP) $(FC) -FR -lowercase -O2 -c $*$(SUFFIX) paw.o : paw.F $(CPP) $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX) cl_shift.o : cl_shift.F $(CPP) $(FC) -FR -lowercase -O2 -c $*$(SUFFIX) us.o : us.F $(CPP) $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX) LDApU.o : LDApU.F $(CPP) $(FC) -FR -lowercase -O2 -c $*$(SUFFIX)
注意这里笔者使用的是libfftw2xf_double_intel.a库文件，因为使用3或者单精度版本会导致有些计算出错。
然后编译即可（这里不要加-j参数，会出错）：
$ make -f makefile.intel2017
即在该目录下生成可执行文件vasp。
Step 3(可选): vasp的modulefile和slurm脚本
笔者设置的vasp modulefile如下：
#%Module 1.0 conflict vasp prepend-path PATH /opt/vasp/5.3.5/bin
针对笔者自己搭建的超算集群，vasp的slurm脚本如下：
#! /bin/bash # 这里指定作业名称，注意vasp的输入文件无需特意指定 #SBATCH --job-name=test # 提交到哪个队列（分区） #SBATCH --partition=E5-2640V4 # 使用多少个节点 #SBATCH --nodes=4 # 每个节点使用多少核 #SBATCH --ntasks-per-node=20 # 错误和输出文件 #SBATCH --error=%j.err #SBATCH --output=%j.out # 加载vasp module load vasp/5.3.5 # 以下行如果不懂，可以不管，按默认的即可。如果你知道其含义的话，可以进行自定义修改。 # 以下生成MPI的nodelist CURDIR=`pwd` rm -rf $CURDIR/nodelist.$SLURM_JOB_ID NODES=`scontrol show hostnames $SLURM_JOB_NODELIST` for i in $NODES do echo "$i:$SLURM_NTASKS_PER_NODE" >> $CURDIR/nodelist.$SLURM_JOB_ID done # 生成nodelist结束 # 通过MPI运行VASP mpirun -genv I_MPI_FABRICS=tcp -machinefile $CURDIR/nodelist.$SLURM_JOB_ID vasp > $SLURM_JOB_NAME.sta # 运行完后清理nodelist rm -rf $CURDIR/nodelist.$SLURM_JOB_ID
https://blog.sciencenet.cn/blog-1113299-1239362.html
上一篇：编译cp2k-6.1的并行计算版本
扫一扫，分享此博文