每台服务器都有自己的脾气，硬件上CPU和内存不同，软件上系统环境不一样。

长时间使用一台服务器或电脑，写好的很多流程，软件参数几乎都是固定的，而且都能正常工作。一但不得不换一个服务器或者电脑，总需要大把时间去调试。

最近又碰到一个小问题，当然以前也许也碰到过，但由于没有记录，时间一长就给忘了。

bwa输出sam格式，但sam格式的文件一般都很大，尤其对我们小麦来说更甚。所以，我一般直接 samtool sort 转换。

命令如下：

但最近换了内存为256G、CPU为64核的服务器后，碰到点问题。跑小的测试文件，一切正常。但使用正常的sample时，就碰到了问题。报错信息为“Error: samtools sort: couldn't allocate memory for bam_mem”，查了一些资料之后，发现，主要是内存不足引起的。当然，内存是没有问题的，这主要是参数设置不当引起的。bwa mem 的 -t 参数以及 samtools sort 的 -m 以及 -@ 参数之间不是独立的。相对正常的做法是，-t 参数与-@参数设成一致，而 -m 参数的大小取决于机器的内存以及-@参数。因为-m参数的意思是“Set maximum memory per thread”，所以 -m 与-@的乘积不能大于机器的内存。