节节麦基因组和中国春基因组宏观共线性分析

前面我们曾经分析过两个节节麦基因组之间的共线性,两个节节麦基因组的一致性怎么样？。今天我们在说一说节节麦基因组和中国春基因组之间的宏观共线性。方法都是一样的。

下图dotplot展示了两个基因组之间具有良好的宏观共线性，然而节节麦的4号染色体和中国春的4A染色体之间长短臂互换了。这也预示着中国春基因组4A和4D/4B之间也存在这种关系。

我们进一步将第四部分同源群拎出来看。除了我们前面说的，还存在着倒位现象。

众所周知，中国春5AL和4AL有易位，这里也能看到，如下图。

除了上面比较出名的，还有一个4AL和7BS之间的易位，这里也能看到。

在中国春TGACv1那篇文章里能够检测到的易位这里几乎都能检测到。我们不再一一细说了，让我们等着文章正式发表吧。

除了这个呢，我们也发现一些倒位，如下图的3和3D。

除了这些呢，还应该比较注意的是着丝粒的倒位，比如下图的6和6D（这个还需要确认下，是不是发生在着丝粒区域）。

好了，今天我们的分析就到这。大家感兴趣的可以看看大麦，短柄草和水稻与小麦基因组之间的共线性关系，看看是否符合前人的研究。