本期作者：胖丫，胖丫师兄

2018.1.15

昨天我们的小麦研究群里讨论了一些小麦生信的网站，正好笔者借着这个机会好好梳理一下我正在学习和利用的生信网站，供大家学习参考。其实我们的主编以前吐血推荐过一个很全的list（吐血推荐：小麦或植物常用网站），大家还是可以多去参考的。小编这次打算利用三到四周的时间跟大家一起学一遍小麦研究过程中几个常用且重要的网站和数据库。

上干货之前，先谈谈笔者对生信的理解。在现在这个Genomics的时代，小麦的研究也越来越依靠大数据（生信）分析了。在此，笔者对生信学习和掌握的水平归纳为四种（想看干货的小伙伴请直接往下拉~）

第一种，掌握和利用网页版或者成熟傻瓜软件来做一些基本的分析。大家不要觉得这个水平很low，照笔者来看，能达到这个水平就已经对大部分的研究无忧了，比如BLAST，基因Annotation，蛋白预测，序列比对，基因簇比对等等。

第二种，要稍微用一些code了，当然这些code也都是别人写好，我们只是copy和paste而已，当然前提是掌握基本的R，Perl，Python等计算机语言。这种水平我觉得对于大部分生物研究者（生物背景）来说已经足够了。想达到这种水平不是很容易，但是只要努力，现在网上已经有很多step by step的教程，还是可以达到的。

第三种，那就是我们身边的那些生信达人了，他们动不动就跟你说我刚建了个服务器，或者建了个什么库。对这样的朋友小编总是抱着羡慕嫉妒恨的态度对他们说一句：who cares！有本事就建一个网页让我用，建不了就不要给我讲！

第四种，那就是对计算机或数学背景的同学了，他们是coding的水平，我就不评论了，事实上也不知道怎么评论。。。

好了，我跟胖丫学的“废话”越来越多了，下面就是干货。今天从GrainGenes这个数据库开个头，结合这个网站先大概介绍一下小麦生信方面重要的数据库和网站，下周开始再比较详细的讲。

https://wheat.pw.usda.gov/GG3/

1. 首先，就光Home Page信息量就足够大了，希望大家一个一个的看，绝对物有所值。我就提一下这个Hot Topics，大家就可以迅速掌握植物信息学领域最新的进展。最最最关键的是这些最新进展都有超链接！比如想对最新的山羊草序列进行BLAST，直接点进去就行。

2. 在主页最上边有几个网站的组成模块，每个都有惊喜。 比如在GrainGenes Tools这部分，GSP：Genome Specific Primers和 BLAST绝对是好东西。

设计小麦特异引物：

对于BLAST这部分，数据库还是比较全的，图中高亮的那个就是最新释放的中国春RefSeq 1.0。

3. 在Resource这部分，照样是精品！

4. Collaboration这部分，包含了大家昨天讨论的小麦基因表达数据库WheatExp https://wheat.pw.usda.gov/WheatExp/ ，点进去就可以直接paste your data and BLAST，非常方便！

5. 一个非常重要的信息，虽说跟生信关系有点远，但绝对有用！这个网站的Job Listing有很多PhD和PostDoc的招聘信息。保证让你看着眼馋~

最后，再给大家提供一个有关PAG meeting搜索Poster的网站，我们的小编已经在前两天的推送中给大家提供了所有的abstract。下面这个网站用Advanced Search搜起来更方便一点，比如输入wheat,勾选poster search，点击就出来134个跟小麦有关的poster。

https://pag.confex.com/pag/xxvi/meetingapp.cgi/SearchResults/0

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