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fasta转成txt

已有 6508 次阅读 2017-2-10 23:10 |系统分类:科研笔记| fasta

fasta转成txt

有的时候需要将fasta格式的序列文件转换成以tab键分割的txt文件

写了一个简单的命令。用法如下：

fasta2txt -i input.fa -o out.txt

代码如下

#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-
__author__ = "Sheng-Wei Ma"
import click   #需要你的电脑安装click包
@click.command()
@click.option('-i', type=click.File('rb'), help='fasta file')
@click.option('-o', type=click.File('w'), help='txt file')
def fasta2txt(i, o):
    for line in i:
        if line.startswith(">"):
            lin = line.strip().split()[0][1:]
            o.writelines('n'+lin+'t')
        else:
            o.writelines(line.strip())
if__name__=='__main__':
    fasta2txt()

别忘了上述代码保存为fasta2txt，并修改权限使之可运行，最后可将文件放在系统全局环境变量下。

转载本文请联系原作者获取授权，同时请注明本文来自马省伟科学网博客。
链接地址：https://blog.sciencenet.cn/blog-1094241-1032900.html

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