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一种预测piRNA和刻画飞蝗piRNA的核苷k联体方法
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| zhaqi1972最近又在bioinformatics（一区刊物，在数理统计排名第一）上发表一篇论文： A k-mer scheme to predict piRNAs and characterize locust piRNAs，首次基于提出piRNA的预测算法。 题目： 一种预测piRNA和刻画飞蝗piRNA的核苷k联体方法 由于不同物种的piRNA之间缺乏保守的二级结构和序列相似性，所以识别非模式生物的piRNA至今还是一个未解决的难题。本文基于五种模式生物的非piRNA序列和piRNA序列的核苷k联体的不同用法来识别piRNA序列。与以前文献中的基于位置特异性碱基用法的“静态”方法相比较，我们的基于核苷k联体的“动态”方法要好很多，精度可达90%以上，且覆盖60%以上的piRNA. 利用这种算法，我们在飞蝗的小RNA库中预测到了87536条piRNA.我们也揭示了在piRNA尾部存在的保守性。所以，我们的这种方法很适合于为尚未做基因组测序的物种识别piRNA. 同时，我们专门设立了网站，为大家提供预测piRNA和免费下载相关软件和训练集的服务。 本文将要发表在 2011年的 Bioinformatics ，第一作者是我。预测网站在http://59.79.168.90/piRNA/index.php.欢迎科研人员登陆提交序列来预测。也欢迎大家提出宝贵意见。 |
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