miRNA命名

1 命名规则统一前的miRNA命名情况

最早发现的几个miRNA基因根据其表型分别被作者命名为lin-4（第一个发现的miRNA）、let-7（第二个发现的miRNA）、lsy-6，其它发现的miRNA则进行系统命名。

2 动物miRNA的命名

2003年，以Vector Ambros为首的科学家联合发表了一个miRNA鉴定、注释及命名的规则。miRNA的命名以“miR”为前缀，再加唯一的基因发现顺序的数字（如miR-1，miR-2等）；相应的miRNA编码基因用小写字母及斜体表示（如mir-1，mir-2）；不同物种中相同或相似的miRNA用相同的名字命名（如果蝇与秀丽线虫的miR-1相差一个碱基，但均命名为miR-1）；同一物种相同的miRNA命名相同，加数字后缀区分不同的基因组位点（如果蝇的mir-6-1、miR-6-2表示这两个miRNA基因在基因组不同位置，但均能产生相同的成熟miRNA序列）；同一物种中相似的miRNA命名相同，但是给以不同的小写字母后缀进行区分（如果蝇的miR-13a及miR-13b）。

Griffiths-Jones于2004年对miRNAs的命名进行了进一步补充，miRNA的初级转录前体称为pri-miRNAs；发卡结构（hairpin）的直接前体称为pre-miRNAs。对于来自同一pre-miRNA前体的两个miRNA，用类似miR-56及miR-56*表示，其中带*号的miRNA表达量较低，属隐形表达（后来发现用*代表表达量不准确，此种表示方法也废除，同时废除的还有miR-142-s及miR-142-as这类表示方法），现在统一用miR-142-5p及miR-142-3p的形式表示两个miRNA分别来自同一发卡前体的靠近5’或3’的茎。在miRBase中记录的miRNA如果重新命名，则其之前的名称可在“Previous IDs”项查看。miRNA前体也用斜体表示，要依据上下文判断所指代到底是miRNA基因还是所预测前体（如用mir-16表示其基因及所预测的前体）。

Griffiths-Jones等2006年进一步补充，在表示不同物种的相同或相似的miRNA时，其前面加上3-4个字母的代表物种的前缀表示（如来自人类的hsa-miR-101与来自小鼠的mmu-miR-101）。

以上的命名规则，Griffiths-Jones等2008进行了进一步确认。

另外，由于人类的miR-548基因家族成员目前已知有80个，这样在用字母进行不同家族成员区分的时候单字母（仅有26个）已经不够用，因此人类的miR-548家族成员可以看到有双字母存在的情况，如has-miR-548aa，has-miR-548az-5p。

3 植物miRNA的命名

植物的miRNA基因命名与动物的miRNA命名类似，但也有有明显的区别：

首先植物的miRNA基因命名以物种前缀+MIR（全大写字母，与动物有差异）+数字组成，如ath-MIR166a；

其次，同一植物基因组不同位点产生相同或相似的成熟miRNA均增加一个字母进行区别，不用数字后缀，如ath-miR166a，这种规则会导致相同的成熟miRNA 序列，然而由于其基因在基因组的位点不同，而名称不一样，如ath-miR156a-5p位于2号染色体、ath-miR156d-5p位于5号染色体，但两者序列一致。

第三，植物的miRNA前体序列较长（约200bp），而动物的miRNA前体较短（约100bp），这样导致植物的一个前体序列（pre-miRNA）可产生两个以上不同的miRNA，如拟南芥ath-MIR829基因，在前体的5‘端有一个miRNA（ath-miR829-5p），而在其3’端有两个miRNA，这两个miRNA分别命名为ath-miR829-3p.1、ath-miR829-3p.2。

4 病毒的miRNA命名

病毒的miRNA基因是以其来源的遗传位点命名，如来自Epstein Barr病毒BART位点的miRNA基因命名为ebv-mir-BART1。同一基因产生的多个miRNA则用数字后缀区分，如rlcv-mir-rL1-1基因。

病毒的成熟miRNA序列命名类似动物成熟miRNA命名，如rlcv-mir-rL1-1基因产生的两个miRNA分别命名为rlcv-miR-rL1-1-5p、rlcv-miR-rL1-1-3p。

 参考文献

1. Kozomara A, Griffiths-Jones S. miRBase: integrating microRNA annotation and deep-sequencing data. NAR 2011 39:D152-D157.

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4. Griffiths-Jones S. The microRNA Registry. NAR 2004 32:D109-D111.

5. Ambros V, Bartel B, Bartel DP, Burge CB, Carrington JC, Chen X, Dreyfuss G, Eddy SR, Griffiths-Jones S, Marshall M, Matzke M, Ruvkun G, Tuschl T. A uniform system for microRNA annotation. RNA 2003 9(3):277-279.

6.Meyers BC, Axtell MJ, Bartel B, Bartel DP, Baulcombe D, Bowman JL, Cao X, Carrington JC, Chen X, Green PJ, Griffiths-Jones S, Jacobsen SE, Mallory AC, Martienssen RA, Poethig RS, Qi Y, Vaucheret H, Voinnet O, Watanabe Y, Weigel D, Zhu JK. Criteria for annotation of plant MicroRNAs. Plant Cell. 2008 20(12):3186-3190.