JZXBK的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/JZXBK


  • 西北农林科技大学,硕士

    • 生命科学->生态学->生命科学

    扫一扫,分享此博客主页
你需要登录后才可以留言 登录 | 注册


gwfs521 2020-7-10 08:22
您好,校友 想求教一下您用gephi作图那篇文章的问题:您文章图上面说是用绝对丰度表格, 贴的图是相对丰度,实际就是计算后用相对丰度来计算相关性,是吧?另外 想问的是用的丰度表公司给的直接用?还是需要经过筛选呢?
最近一直想做这个,但是老是搞不清楚,丰度表的问题。麻烦抽空帮忙看看,感谢。
查看全部
统计信息

已有 143016 人来访过

微生物 物种丰度 网络图 R语言 Gephi network 2020-06-25
       最近用使用R和Gephi学习了网络图的制作,借鉴了刘永鑫和刘尧的一些东西。不好意思尧哥,我又要抄作业了。原理什么的我讲不清楚主要 ...
(27208)次阅读|(3)个评论
生信 python 练习题 把每条FASTA序列分割成80个字母一行的序列 2020-06-13
最近发现学习python的方法在于完成一个个小课题,这样对于个人对于python的掌握提高很大。这一次分析一段将fasta文件中的每一段序列分割成80个字母一行的序列。 ...
(4974)次阅读|(0)个评论
R语言 PCA PCoA ggplot2 2020-05-04
这一篇是衔接上一篇的,就是要用ggplot2程序包对PCA和PCoA进行可视化。代码我直接照搬过来了,只是绘图的时候用ggplot函数。ggplot2包实现了一个在R中基于全面 ...
(9169)次阅读|(0)个评论
R 语言 PCA PCoA 区别 2020-04-14
PCA(principal component analysis)中文名字叫主成分分析:基于特征向量的排序方法,分析对象是原始的定量数据。排序图展示样方之间的欧氏距离。 PCoA(prin ...
(11185)次阅读|(0)个评论
python3 fasta txt seq contig等纯文本文件的读取 写入 2020-02-15
#文本文件的读取,同样的如果'序列文件.txt'不在当前工作目录下,需要写出详细的文件路径。与window系统不同,在linux系统中工作路径需要用到'/ ...
(2942)次阅读|(0)个评论
python3 计算 基因组测序结果文件 各碱基数目(个人练习) 2020-02-13
    基因组测学回来的结果后,从assembly(组装)里找到序列文件,格式可能是:.fasta、.fastq、.seq、和.contig。fastq要转化为fasta,转 ...
(4542)次阅读|(0)个评论
α多样性指数变化趋势 2020-02-08
本绘图方法基于R语言实战(R in action),基于图形初阶的方法,使用R软件自带的plot()函数绘图,基础的分为5步 attach(data)#对data添加路径索引:attach(d ...
(2597)次阅读|(0)个评论
R语言 堆叠柱状图 物种丰度直方图 2019-12-20
#使用ggplot2包绘制物种丰度直方图 #首先安装ggplot2包,并载入 install.packages(ggplot2) library(ggplot2) #OTUs相对丰度矩阵表(以97%的相似度为聚 ...
(17765)次阅读|(0)个评论

查看更多

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-12-2 22:30

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部