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如何利用VMD构建膜蛋白体系

已有 3520 次阅读 2010-6-23 11:23 |个人分类:生活点滴|系统分类:科研笔记| vmd, 膜蛋白

随着近年来计算机软硬件技术的发展,利用分子动力学模拟研究膜蛋白体系越来越多。因此,如何构建膜蛋白体系就显得尤其重要。在众多的分子动力学模拟软件中,NAMD由于并行效率高,而更多的应用于膜蛋白体系的研究中。因此,如和构建膜蛋白体系并应用于NAMD软件进行分子动力学模拟呢?膜蛋白体系的构建在VMD软件上利用插件Membrane Plugin, Version 1.1进行,一般分为以下几步:

1. 调用膜插件

package require membrane

2. 膜体系的描述

membrane -l <lipid_name> -x <size_in_X> -y <size_in_Y> {-o <output_prefix>}

3. 加入蛋白质

详细的步骤参照http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/membrane/



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1 pkuzeal

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