生物信息学 之 计算表观遗传学分享 http://blog.sciencenet.cn/u/hongbo919 森罗万象是表观, 追根溯源系遗传。 计算精研千淘漉, 天道酬勤志更坚。

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分享 基于RNA-seq的重复序列表达定量
2017-8-30 06:12
近期越来越多的研究关注重复序列在表观遗传调控中的作用,特别地,有些研究关注在特殊情况下重复序列表达转录本的情况,因此通过RNA-seq数据进行重复序列基因表达的需求越来越多。有两种方法可以实现这一目的,第一种利用bedtools对重复序列的read数进行count,第二种是基于cuffquant的重复序列表达定量。下面简单介绍两 ...
个人分类: 科研经验|1851 次阅读|没有评论
分享 转录组数据处理之~~~gtf文件
2017-7-19 00:37
随着测序技术的不断发展,转录组的组装和分析成为生物信息从业者的家常便饭,当然大家也不免会遇到一个被格式化为gtf的文件,关于gtf文件的介绍请移步到http://mblab.wustl.edu/GTF22.html。因此各大基因组数据库均提供了该基因格式的下载,由于Ensembl与ENCODE计划的强强联合,因此在基因Annotation方面具有得天独厚的优 ...
个人分类: 科研经验|9071 次阅读|没有评论
分享 如何制作BibTex格式的文献列表
热度 1 2016-1-27 11:37
最近在科研在线网站构建自己的 科研小窝 的时候,在导入发表的论文列表时,遇到了一个棘手的问题。该网站提供了三种方式提交,搜索、手动和BibTex格式批量导入。这个网站的搜索功能不敢恭维,输入本人的姓名什么也搜不到,在下又很懒,不想手动输入,于是乎想利用BibTex批量导入。第一次接触这个 ...
个人分类: 科研杂谈|11438 次阅读|2 个评论 热度 1
分享 2016年度国家自然科学基金项目指南——尝鲜版
2016-1-16 15:39
又到了一年一季的标书撰写季,有多少科研工作者将在这两个月里熬灯苦读,研究最新的科学进展,提出新的设想,设计详细的实验方案,从而争取未来几年科学基金的支持。这对于从事基础研究,特别是无门无路、小兵小卒的我辈来讲,确实是无比重要的事情。 在撰写标书的开始,最 ...
个人分类: 科研杂谈|2464 次阅读|没有评论
分享 生物信息学技术 之 如何进行物种间同源序列分析
2015-11-27 10:22
随着生命科学的发展,人们越来越关注基因或调控元件的物种间保守性,如何获取这些同源序列则成为生物信息学分析的常见内容。现将这方面的经验总结如下,希望对大家有所帮助! 图文并茂版 ,请下载: Homologous sequence analysis.pdf ——————————————————————————— ...
个人分类: 科研经验|4627 次阅读|没有评论
分享 中国科协发布 《发表论文的“五不”行为守则》之我见
热度 1 2015-9-17 22:49
今天上网看到中国科协发布的发表论文“五不”守则,放眼当前科学领域,又有多少篇论文真的做到了“五不”呢? 好在这只是个守则,如果是法律,恐怕犯法的人是惊人的数字。如果你不信,可以到度娘搜索一下“代发论文”,搜索结果为2,780,000条,可见该需求量有多大,市场份额自然不少,也催 ...
个人分类: 科研杂谈|2533 次阅读|2 个评论 热度 1
分享 UCSC Genome Browser 本地化 on CentOS 7
2015-8-7 14:59
Installing a Browser Mirror on Linux CentOS 7 #环境:CentOS Linux release 7.0.1406 #安装Mysql数据库。 wget http://dev.mysql.com/get/mysql-community-release-el7-5.noarch.rpm rpm -ivh mysql-community-release-el7-5.noarch.rpm yum install mysql-community-server service mysqld restart #新 ...
个人分类: 科研经验|4113 次阅读|没有评论
分享 计算表观遗传小诗一首
2015-3-17 00:06
森罗万象是表观, 追根溯源系遗传。 计算精研千淘漉, 天道酬勤志更坚。 谨以此诗向计算表观遗传学领域的研究者致敬!
个人分类: 科研杂谈|1742 次阅读|没有评论

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GMT+8, 2020-4-9 23:30

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