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转录组数据处理之~~~gtf文件
刘洪波 2017-7-19 00:37
随着测序技术的不断发展,转录组的组装和分析成为生物信息从业者的家常便饭,当然大家也不免会遇到一个被格式化为gtf的文件,关于gtf文件的介绍请移步到http://mblab.wustl.edu/GTF22.html。因此各大基因组数据库均提供了该基因格式的下载,由于Ensembl与ENCODE计划的强强联合,因此在基因Annotation方面具有得天独厚的优 ...
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生物信息学技术 之 如何进行物种间同源序列分析
刘洪波 2015-11-27 10:22
随着生命科学的发展,人们越来越关注基因或调控元件的物种间保守性,如何获取这些同源序列则成为生物信息学分析的常见内容。现将这方面的经验总结如下,希望对大家有所帮助! 图文并茂版 ,请下载: Homologous sequence analysis.pdf ——————————————————————————— ...
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UCSC Genome Browser 本地化 on CentOS 7
刘洪波 2015-8-7 14:59
Installing a Browser Mirror on Linux CentOS 7 #环境:CentOS Linux release 7.0.1406 #安装Mysql数据库。 wget http://dev.mysql.com/get/mysql-community-release-el7-5.noarch.rpm rpm -ivh mysql-community-release-el7-5.noarch.rpm yum install mysql-community-server service mysqld restart #新 ...
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Linux下自动加载硬盘并实现数据拷贝的方法
刘洪波 2015-2-20 15:40
问题描述: 近期有个3T硬盘总是连接电脑上自动断电重启,重启的时间大概2分钟。为了将里面的数据备份出,想了很多办法,最后利用Linux提供的计划任务解决。 解决的大体思路: 利用计划任务crontab检测是否cp进程存在,如果不存在,表明移动硬盘已经断掉,应该重新mount,并启动cp程序。 在Ubuntu中实现的具体方法: ...
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