生物信息学 之 计算表观遗传学分享 http://blog.sciencenet.cn/u/hongbo919 森罗万象是表观, 追根溯源系遗传。 计算精研千淘漉, 生物殿堂乐其间。

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Install python package without root (pip安装到指定目录)
2018-9-30 23:26
_______________ 方法1 (亲测有效)_______________ pipinstall--userpackage _______________ 方法2 _______________ pipinstall--install-option=--prefix=$HOME/localpackage _______________ 方法3 _______________ 用户 ...
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快速绘制染色体区域信息
2018-9-30 23:26
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/tools/gdp/
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PHP7 升级后Mysql报错的解决方案
2018-9-30 23:24
近期GoDaddy莫名其妙的自动升级了PHP版本(5.*7.*),导致Mysql数据库无法连接,这一错误的根源在于原有网页采用了mysql_connect,而PHP7将不再支持该模块,因此需要将网页中的mysql_connect更新为MySQLi或者PDO_MySQL,详情参考:http://php.net/manual/en/function.mysql-connect.php 解决办法:将原代码中 ...
个人分类: 科研经验|1390 次阅读|没有评论
安装 R-3.5.0
2018-9-30 23:22
Error: checkingforzlib.h...yes checkingifzlibversion=1.2.5...no checkingwhetherzlibsupportsuffices...configure:error:zliblibraryandheadersarerequired Try: h ...
个人分类: 科研经验|1869 次阅读|没有评论
从一则招聘启事看生物信息研究者应掌握的十种能力
2018-9-30 23:21
Introduction (招聘原文): Several full-time postdoctoral positions are immediately available for Ph.D. graduates with experience in Bioinformatics (computational genomics) at the Bioinformatics Core, Cancer Science Institute of Singapore. The focus of the core is on understanding computa ...
个人分类: 科研经验|1262 次阅读|没有评论
Linux实用命令
2018-9-30 23:17
1、查看系统访问日志(实时) tail --lines=100 -f /var/log/secure 2、按列合并文件 pastefile1file2 combind.txt 3、按行合并文件 cat file1file2 combind.txt 4、 Linux:使用awk命令获取文本的某一行,某一列 1)、打印文件的第一列(域) ...
个人分类: 科研经验|2238 次阅读|没有评论
PHP7升级后Mysql报错的解决方案
2018-1-8 06:44
近期GoDaddy莫名其妙的自动升级了PHP版本(5.*7.*),导致Mysql数据库无法连接,这一错误的根源在于原有网页采用了mysql_connect,而PHP7将不再支持该模块,因此需要将网页中的mysql_connect更新为MySQLi或者PDO_MySQL,详情参考:http://php.net/manual/en/function.mysql-connect.php 解决办法:将原代码中的m ...
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基于RNA-seq的重复序列表达定量
2017-8-30 06:12
近期越来越多的研究关注重复序列在表观遗传调控中的作用,特别地,有些研究关注在特殊情况下重复序列表达转录本的情况,因此通过RNA-seq数据进行重复序列基因表达的需求越来越多。有两种方法可以实现这一目的,第一种利用bedtools对重复序列的read数进行count,第二种是基于cuffquant的重复序列表达定量。下面简单介绍两 ...
个人分类: 科研经验|4450 次阅读|没有评论

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