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分享 pymol 灯光 光照
2018-10-29 17:06
光照对于图片的质量很重要,你可以打开或者关闭灯光,也可以调整灯光的位置和强度。 pymol 中内置了10个灯光位置。 #setthelighttosomeposition.The'position'#mustbeavectorspecifyingtheXYZlocation# ...
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分享 基于UNIPROT ID对蛋白的结构和序列进行差异分析
2018-10-27 10:30
基于UNIPROT ID对蛋白的结构和序列进行差异分析 ### 基于UNIPROT ID对蛋白的结构和序列进行差异分析 #### 摘要 随着晶体结构解析技术的发展,同一个UniProt的蛋白越来越多的结构被解析出来。 本文将教你如何巧妙适当的这些出这些结构的差异。 #### 案例 human BACE1 蛋白 在PDB ...
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分享 PyMOL 二级结构的展示
2018-10-26 15:09
pymol 中的二级结构判断引擎是dss; dss基于主干几何形状和氢键模式定义二级结构。 此命令将生成与DSSP和其他程序略有不同的结果。 大多数偏差发生在边界或过渡区域。 一般来说,PyMOL更严格,因此分配更少的螺旋/片状残留物,除了部分扭曲的螺旋,PyMOL倾向于容忍。 如果对dss 产生的结果不认同 ...
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分享 [转载]Pymol 寻找并绘制二硫键
2018-10-26 11:42
show sticks, (cys/ca+cb+sg) and byres (cys/sg and bound_to cys/sg) https://kpwu.wordpress.com/2006/03/19/draw-better-disulfide-bond/
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GMT+8, 2019-12-14 23:24

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