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分享 统一open和close两个构象的PDB结构信息

2019-1-16 11:54

统一open和close两个构象的PDB结构信息 主要通过 SI.zip 解决这个问题。 场景： gromacs 计算RMSD 需要原子序号一致。 #### 摘要 同一个蛋白，解析了OPEN和CLOSE 2个构象，OPEN 构象中可能会有一段 loop 缺少。 #### 方法 step1. 补残基 补全loop，使得残基数目相同。 1t48 的范围 ...

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分享 增添图片分辨率 清晰度 letsenhance

2019-1-10 16:28

https://letsenhance.io/ 上传图片，选择处理模式photos and arts,处理后得到图片， 把该图片上传，选择处理模式add texture进行处理，就可以获得更清晰 高清图片，然后再用PS修改分辨率就可以。 一个新账号，可以免费处理5张图片。 处理前图片 处理后图片

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分享 pdb2gmx 命令使用注意事项

2018-12-29 17:55

Atom OXT in residue ASP 298 was not found in rtp entry ASP with 9 atoms PDB数据库中下载后的结构可能存在一定的问题，通过schrodinger中的protein preparation处理后，默认蛋白的末端是保留COO的，这时候最后一个O的原子名字为OXT。 删除该原子就可以了。 如果要在末端添加一个氨基酸，可以在pymol 中切换到e ...

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