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置顶 · 个人新博客

2020-2-24 22:24

我的新博客主要用于 分享药物设计软件的使用技巧 和 一些 编程知识。 欢迎大家 访问我的 新博客 ， 和我互动交流。 http://blog.chenzhaoqiang.com/

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biopython中的msms在 linux 中的安装使用

2017-12-4 15:08

msms 可用于计算蛋白表面以及残基深度。 biopython中没有msms的代码，其是调用电脑中的msms. 编译好的版本，下载链接： https://pan.baidu.com/s/1dFrTwgp 将其中的文件修改为msms(小写)，添加可执行权限，移动到PATH环境路径中。 注意事项： sudo 下可能会找不到msms命令。 如果必须使用sudo, 你可以将m ...

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biopython中的dssp在 linux 中的安装使用

2017-12-4 11:25

dssp是分析蛋白二级结构的程序。 biopython中本身是不带有dssp程序的，他是调用电脑中的dssp。 因此我们先安装dssp,建议直接使用编译好的软件， 下载链接： https://pan.baidu.com/s/1c1BrXz6 然后修改权限变成可执行文件，修改文件名dssp。注意小写。 将其添加到环境变量PATH中。 如果依旧不可以，可直接 ...

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schrodinger cnavas 计算小分子相似性

2017-12-2 22:13

canvas 是针对小分子的软件工具，包括如下功能： （八）化学信息学：薛定谔软件的化学信息学解决方法提供以下专业算法：二元指纹向量聚类分析；相似性分析；层次聚类方法；化学过滤方法；多样性分析；sphere exclusion diversity;字结构搜索；独特的SMILES产生法；多元线性回归；偏最小二乘回归；主成份分析；主成份回归 ...

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schrodinger maestro plot功能

2017-12-2 13:31

目前只发现了绘制 散点图的功能。 也许仅仅只有该功能。 希望以后能够绘制各种类型的图。

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schrondinger蛋白 小分子构象聚类

2017-11-29 20:11

schrondinger蛋白 小分子构象聚类 首先把蛋白构象导入到project table中 然后在conformers中计算RMSD matrix。 可以整个蛋白也可以指定氨基酸计算RMSD matrix 计算完rmsd matrix ，就可以执行 calculate clustering。然后在results中获得聚类的分析，比如聚类树，聚类热图，聚类个数的kelly分析。在apply中提取 ...

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AxPymol ppt中添加pymol----

热度 1 2017-11-22 10:54

教程： 安装full.exe， 然后在ppt中添加开发工具， http://jingyan.baidu.com/article/6f2f55a198ea96b5b93e6c1a.html . 然后点击开发工具中--》控件中的-》其他控件选择AxPymol control 然后确定，按住鼠标左键画框，用于存放pymol的 接着shift+F5 进入播放模式 最后右击框选择pse文件即可。-------------

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schrodinger2017变化很大 功能在哪里

2017-11-16 11:38

schrodinger2017变化很大 功能在哪里 1. 修复小分子 添加单双键， 点击 edit-assina-bond orders 2. 常用功能在右上角 tasks中进行搜索。

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分子位置变换

2017-11-8 17:00

分子有2个位置，1个初始位置，1个终止位置。 从初始位置变化100次到终止位置，d=（终止位置原子坐标-初始位置原子坐标）/100 for i in range(100): confs.append(初始位置+d)

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