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2020-2-24 22:24

我的新博客主要用于 分享药物设计软件的使用技巧 和 一些 编程知识。 欢迎大家 访问我的 新博客 ， 和我互动交流。 http://blog.chenzhaoqiang.com/

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amber.python mdout_analyzer.py miniconda _tkinter.TclError

2018-4-14 18:22

amber amber.python mdout_analyzer.py miniconda 软连接 运行mdout_analyzer.py的时候遇到一个问题，说Tcl没安装好。 $ pythonamber mdout_analyzer.py 2.7.11 |Continuum Analytics, Inc.| (default, Dec 6 2015, 18:08:32) /home/jawang/software/amber16/bin/pythonamber Traceback (most re ...

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supervisor ssserver

2018-4-3 14:24

supervisor 安装 python -m pip install supervisor 在/etc目录下生成配置文件，可能需要root用户 echo_supervisord_conf supervisord.conf 添加读取目录，使得会自动读取/etc/supervisor目录下的所有conf文件的配置 files = /etc/supervisor/*.conf ; ...

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centos7 xshell xftp 文件名乱码

2018-3-30 14:13

centos7 xshell xftp 文件名乱码 https://www.cnblogs.com/freelandun/p/7882087.html step1 yumgroupinstallFonts step2 然后继续 vim/etc/locale.conf 修改为 LANG=zh_CN.UTF-8 执行一下 source/etc/locale.conf 修改好以后一定要重 ...

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centos7 安装git

2018-3-30 10:10

git 在开发者工具中。 yum groupinstall Development Tools

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pymol transparency 不生效解决办法

2018-3-22 10:13

pymol transparency 不生效解决办法 对2个object 设置不同程度的 transparency，发现不生效。 琢磨发现可以使用其替代方法。 第一种方法 尝试使用 cartoon_transparency进行分分别设置。 第二种方法 可以保存成2张图片，在PS 中修改。

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vscode 安装restructuredtext

2018-3-1 11:13

https://github.com/vscode-restructuredtext/vscode-restructuredtext/blob/master/docs/sphinx.md 查找插件 ext:rst方式查找安装一个插件。 注意事项 必须生成 必须在命令行中code .启动vscode What is Sphinx Sphinx is a tool to generate HTML/PDF from reStructuredText documents ...

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skimage.morphology.label

2018-2-1 19:29

http://scikit-image.org/docs/dev/api/skimage.morphology.html#skimage.morphology.label label的函数的功能是根据相邻情况从左到右 从上到下划分区域，并对区域建立索引。 label ¶ skimage.morphology. label ( input , neighbors=None , background=None , return_num=False , connectivity= ...

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keras save model

2018-1-27 16:36

ImportError: No module named h5py pip install h5py安装成功后一定要重启电脑。 注意tensorflow不支持python2版本，所以学习keras 推荐使用python36_64版本。

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小分子原子序号不一致 RMSD计算

2018-1-26 15:21

同一个小分子不同构象RMSD计算方法，分子中原子的序号不一致，请使用schromdinger的命令行 run rmsd.py 1.sd 2.sd 就可以自动计算RMSD了。 注意小分子的格式使用sd 不能使用PDB I am trying to calculate the RMSD between the docked pose of a ligand, and the same co-crystallized ligand. Unfortunately ...

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