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置顶 · 个人新博客
2020-2-24 22:24
我的新博客主要用于 分享药物设计软件的使用技巧 和 一些 编程知识。 欢迎大家 访问我的 新博客 , 和我互动交流。 http://blog.chenzhaoqiang.com/
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gview移动分子片段
陈照强 2015-7-4 13:18
按住shift拖动是移动整体。shift+alt拖动是移动片段 记住是alt不是太ctrl。 GV 操作技巧 Alt+ 左键可以转动一个(水)分子。 Alt+Shift+ 左键可以平动一个分子。
个人分类: DrugDesign|2360 次阅读|没有评论
如何计算rmsd
热度 1 陈照强 2015-3-8 18:38
计算rmsd分为2种,一种是直接计算,另一种是先叠合再计算。 强烈推荐使用schrodinger中superposition。 不推荐使用pymol的align以及rms以及rms_cur计算。 参考 http://www.schrodinger.com/kb/1532 ...
个人分类: DrugDesign|16457 次阅读|1 个评论 热度 1
ligprep 保持晶体中的小分子构象
陈照强 2015-3-8 11:58
ligprep的命令组成 ligprep -nz -epik -W e,-ph,7.0,-pht,2.0 -s 32 -r 1 -bff 14 -imae ligtest_subjob_1.mae -omae ligtest-out_subjob_1.maegz 结论:要保持构象,需要在命令行中执行的时候添加-nc参数,最后选择stout.maegz后缀的文件就可以了。图形界面无法设置-nc参数 ligprep -nc -nz -epik ...
个人分类: DrugDesign|3584 次阅读|没有评论
解决schrodinger中不识别pdb中原子
陈照强 2015-3-8 10:34
从pdb中抠出来的pdb小分子 在schrodinger中不识别。 先把它export成sdf, 然后导入sdf,检查原子类型就可以了。
个人分类: DrugDesign|1618 次阅读|没有评论
ligprep失败的原因分析
陈照强 2015-3-6 18:54
避免失败的最好方法,是找出失败的原因。 找出失败原因最好的方法是查看log文件, 直接定位error -------------------------------- ligprep running: premin OK structures in: ttt-out_subjob_1_prout.maegz problematic structures in: ttt-out_subjob_1_prout_bad.maegz premin -lic ...
个人分类: DrugDesign|2994 次阅读|没有评论
glide box的认识
陈照强 2015-3-6 14:07
GLIDE中的box是双box模型。 如果希望小分子在定义的口袋中到处乱跑,除了把box设置大了,还需要设置INNEBOX, INNERBOX 限定了小分子的中心只能落在INNERBOX,默认是10,10,10。 OUTTERBOX 限制了小分子只能在这个盒子里面 在图形界面的Advance setting中 另外需要注意的是 图形界面中设置的口袋只能是正方体 ...
个人分类: DrugDesign|1521 次阅读|没有评论
ChelpG原子电荷的计算
陈照强 2015-3-2 22:15
K以后的元素,计算Chelpg电荷的时候,需要定义原子半径,具体可以参看 Rowland R. S.; Taylor R. J. Phys. Chem., 1996, 100, 7384 也可以用其他人的半径 原子的范德华半径.pdf , gjf文件的格式如下 来自小木虫 %chk=E:CoCNgasCoCN.chk &n ...
个人分类: DrugDesign|3240 次阅读|没有评论

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GMT+8, 2021-9-25 06:26

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