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置顶 · 个人新博客
2020-2-24 22:24
我的新博客主要用于 分享药物设计软件的使用技巧 和 一些 编程知识。 欢迎大家 访问我的 新博客 , 和我互动交流。 http://blog.chenzhaoqiang.com/
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linux 安装PIP,出现SSLerror
陈照强 2016-11-8 10:36
python get-pip.py sslERROR; 重新源码编译安装python,就可以解决这个问题。 tar zxvf Python-2.7.9.tgz cd Python-2.7.9 ./configure --prefix=/home/my/python2.7 --enable-unicode=ucs4 make make install 安装好了以后添加到path中,同时修改别名python27,避免冲突
个人分类: DrugDesign|2142 次阅读|没有评论
CCDC数据库及API的使用
陈照强 2016-11-7 14:38
https://downloads.ccdc.cam.ac.uk/documentation/API/installation_notes.html#windows 安装简单流程。 1. 安装python 2. 安装csds 3. 使用pip命令安装csd-python-api.zip 注意事项就是需要先安装微软的vcforpython,以及来自uci的轮子库lxml。 4. 解压csd-python-api.zip,在test文件夹中运行run_tests.b ...
个人分类: DrugDesign|8472 次阅读|没有评论
Pymol代码分析:cmd.save 的分析
陈照强 2016-9-7 17:01
from pymol import cmd cmd.save('1.pdb','objcetname') 从这我们可以知道pymol 是一个包,cmd 是一个模块 我们在PyMol/modules文件夹下能找到pymol的包,在pymol 包中能找到cmd.py的模块, 当我们直接在save.py 文件中直接搜save的定义的时候没有找到,则save一定是从其他文件中导入进来的,我们 搜 ...
个人分类: DrugDesign|3025 次阅读|没有评论
pymol 中的各种object
陈照强 2016-9-7 11:17
pymol 中的object 有多种类型,这些类型各有特点。 共同特点应该是有坐标的。 这些类型如何相互转换? The object types are strings such as object:molecule object:map object:mesh object:slice object:surface object:measurement object:cgo object:group object:volume ...
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pymol CGO object 继承color command
陈照强 2016-9-1 08:59
在创建object的时候,不设置COLOR 选项即可。 如何让CGO 中的sphere 具有cmd.distance的功能,继续探索中。 #! python2 pymol #coding: utf-8 from pymol.cgo import * from pymol import cmd COLOR_dict={} COLOR_dict = COLOR_dict = COLOR_dict = COLOR_dict = RADIUS=0.3 def showpointcgo(points,name, ...
个人分类: DrugDesign|1577 次阅读|没有评论
各种电荷的计算方法和软件
陈照强 2016-7-17 14:32
首先推荐用multiwfn可以计算多种电荷, 载入fchk文件,然后选择7 population analysis布局分析. 可以计算Hishfeld ADCH MK 等电荷 其中chelpg 电荷,不能自定义原子的范德华半径,使用需要注意,推荐使用高斯内置的方法只算chelpg电荷 chlepg 电荷计算如下。 http://blog.sciencenet.cn/blog-950202-871384.ht ...
个人分类: DrugDesign|3152 次阅读|没有评论
BSSE
陈照强 2016-3-22 11:08
来自 http://sobereva.com/46 ···· BSSE(Basis Set Superposition Error) 误差产生的原因: 基函数的重叠 另一方面来自于 A、B分子的基函数 在复合物体系中重叠,相当于增大了复合物的基组而使E(AB)能量降低(严格来说前提是所用的理论方法是基于变分原理的),这个部分贡献如果也掺入E_interaction,则高估 ...
个人分类: DrugDesign|4662 次阅读|没有评论
晶体结构电子云 翻转现象
热度 2 陈照强 2015-12-11 15:45
CONH是可以翻转的,(O的电子云和NH2的电子云是相似的,无法区分) HIS 的五元环也是可以翻转的(HIS 环中电子共轭,也是无法区分C和N的电子云的)
个人分类: DrugDesign|2237 次阅读|5 个评论 热度 2
利用multiwfn批量获取wiberg bond order信息
陈照强 2015-11-7 11:16
multiwfn获取wiberg bond order信息,非常简单。 step1 读入fchk文件 step2 9 //命令9 step3 3 //命令3 ----------------------------- wiberg bond index: 键的强度越强(键长越短),wiber bond index 越大。反应强度的一个指数。 ------------------------------- 批 ...
个人分类: DrugDesign|3310 次阅读|没有评论

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