博文

置顶 · 个人新博客

2020-2-24 22:24

我的新博客主要用于 分享药物设计软件的使用技巧 和 一些 编程知识。 欢迎大家 访问我的 新博客 ， 和我互动交流。 http://blog.chenzhaoqiang.com/

2730 次阅读|没有评论

软件正常安装运行的时候出现segmentation fault的解决方案

2014-11-6 19:09

背景 在有些机器上可以正常安装autodock，然后正常运行 有些机器可以正常安装，但是不能正常运行， 运行的时候报这个错segmentation fault 解决办法 在Linux下写程序的时候，如果程序比较大，经常会遇到“段错误”（segmentation fault）这样的问题，这主要就是由于Linux系统初始的堆栈大小（stack size）太小的缘故 ...

个人分类: DrugDesign|5697 次阅读|没有评论

pymol中python脚本运行方法 run 和@的区别

2014-10-22 09:32

run xxx.py #和普通python的运行一样的 just run the usually python script run 是新的，不要在用@

个人分类: DrugDesign|5286 次阅读|没有评论

adf out文件中的能量解读

2014-10-13 15:47

beefly在emuch上发布一个帖子 http://emuch.net/html/201105/3149273.html 担心内容，就copy一份过来 ADF的能量分解类似于Morokuma的能量分解。后者应用范围很窄，只适用于闭壳层体系的Hartree-Fock计算，而前者可用于ADF中的各种RDFT和UDFT，甚至还能考虑旋轨耦合。 这个能量分解算例是以前做练习用的，今天偶然从 ...

个人分类: DrugDesign|3433 次阅读|没有评论

pymol 随意移动指定分子

2014-10-11 21:54

Manual superposition of two molecules You can also align to structures using mouse rotation/translation. For this, you need to protect those molecules you don't want to move with (action menu - movement - protect) in the selection menu. Protect one object, deprotect the other, grab the ...

个人分类: DrugDesign|14417 次阅读|没有评论

构效关系分析之相似性计算

2014-9-24 13:53

背景： 得到了一个苗头化合物后，对这个化合物进行衍生，购买大量相似性化合物，进行送样测试 得到活性数据后，一部分化合物是有活性的，另一部化合物是没有活性的。 我希望将有活性的化合物和苗头活性化合物进行相似性比较，重点不是看相似性得分，而是观察结构的差异； 我希望将有没有活性的化合物和苗头活性化合物 ...

个人分类: DrugDesign|3778 次阅读|没有评论

提取高斯log文件中的晗 熵 吉布斯自由能

2014-9-15 11:11

Sum of electronic and thermal Energies 对应的是内能 不是熵 Sum of electronic and thermal Enthalpies 对应的是焓 Sum of electronic and thermal Free Energies 对应的是吉布斯自由能 默认温度是298k 焓的批量提取 grep thermal Enthalpies *.log 吉布斯自由能的批量提取 ...

个人分类: DrugDesign|17309 次阅读|1 个评论

如何批量提取分子的HOMO lumo的值

2014-9-12 10:04

如果需要显示HOMO LUMO 轨道, 电脑中需要同时安装Gaussian 和GView. 背景： 课题中被要求提取HOMO lumo的值 有人说从fchk（chk）中提取，又有人说可以从log中提取。 他们的做法是用gauss view打开fchk文件，或者log文件。 然后右击--》edit--》MOs，没必要选中任何原子，因为homo lumo是针对分子的 ...

个人分类: DrugDesign|7864 次阅读|1 个评论

multiwfn 进行AIM分析

2014-9-10 23:20

背景： 在别人研究卤键的文章中，看到别人进行了AIM分析。 建立关键点。分析关键点的电子密度能量的情况。 前人的研究可以发现从这些参数中可以判断出键的类型，静电为主，还是共价为主。 也可以反应键的强弱。 这里的具体使用规则，以后再详细补充，这里先讲下怎么产生这些参数。 ############################# ...

个人分类: DrugDesign|10286 次阅读|没有评论

本页有 2 篇博文因作者的隐私设置或未通过审核而隐藏