避免失败的最好方法，是找出失败的原因。

找出失败原因最好的方法是查看log文件，

直接定位error

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ligprep running: premin
OK structures in:        ttt-out_subjob_1_prout.maegz
problematic structures in: ttt-out_subjob_1_prout_bad.maegz
premin -lic ligprep -m filter -f 14 -s ttt-out_subjob_1_prout.maegz -u ttt-out_subjob_1_prout_bad.maegz ttt-out_subjob_1_rcout.maegz > ttt-out_subjob_1_pr.log 2>&1
**** ERROR : premin produced no output structures ****
Last 30 lines of ttt-out_subjob_1_pr.log:
Premin
Premin. Copyright Schrodinger, LLC. All rights reserved.

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premin 这一步出了问题，输入文件有问题。查看prout_bad.maegz的结构文件。

premin前面执行epik，有log文件就有问题。这一步也有error所以能查看到epik.log文件

定位error，发现

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mmlewis error: Problems remain with the following atoms:
mmlewis error:  32 44

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32号和34号原子有问题。

查看结构发现

发现33位和45位的双键O上，质子化的过程中被加上了H原子。

导致结构错误，所以premin无法处理优化结构。

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质子化的过程是根据原子类型进行质子化的，查看原子类型发现33位和45位的O被分配为了OM类型，

将其修改为02类型，具体操作

edit-》build-》Atom Properties-> Atom type 然后选择你想要修改的原子类型，

然后再点你要修改的原子就可以了。

如何确定基团上个原子的类型，点击edit-》build-》fragments 然后在organic选中你想要的基团，

然后再workspace中点一下，就可以画出这个基团，然后查看这个基团的原子类型。