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glide box的认识

已有 2072 次阅读 2015-3-6 14:07 |个人分类:DrugDesign|系统分类:科研笔记

GLIDE中的box是双box模型。

如果希望小分子在定义的口袋中到处乱跑,除了把box设置大了,还需要设置INNEBOX,

INNERBOX 限定了小分子的中心只能落在INNERBOX,默认是10,10,10。

OUTTERBOX 限制了小分子只能在这个盒子里面

在图形界面的Advance setting中


另外需要注意的是

图形界面中设置的口袋只能是正方体

在命令行中,可以设置口袋的长宽高。




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