autodataming的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/autodataming

博文

sybyl中小分子的能量优化

已有 3459 次阅读 2013-11-13 09:41 |个人分类:DrugDesign|系统分类:科研笔记|关键词:能量优化,分子,批量| 分子, 批量, 能量优化

背景:chemdraw画的2d分子(带有手型信息),通过chem3D转成3D的mol2结构不够舒展(原子和原子的距离太近),再配体准备之前,可以先优化下。

minimize_energy.spl

方法:在linux系统下使用sybyl

mol2的分子放在一个新建的文件夹如rawmol2

把附件中的spl文件也存放到rawmol2文件夹中

然后再这个rawmol2文件夹下再新建一个文件夹mini,用于存放优化后的分子

在ranmol2文件夹下,启动sybyl,点击file --〉take commands 找到spl文件运行即可

 

==========================================================

致谢

xzj师兄指导下完成



http://blog.sciencenet.cn/blog-950202-741343.html

上一篇:借助chemdraw批量把cdx转成3dmol2格式
下一篇:中药化合物库的下载

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备14006957 )

GMT+8, 2018-11-20 08:15

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部