Atom OXT in residue ASP 298 was not found in rtp entry ASP with 9 atoms

PDB数据库中下载后的结构可能存在一定的问题，通过schrodinger中的protein preparation处理后，默认蛋白的末端是保留COO的，这时候最后一个O的原子名字为OXT。 删除该原子就可以了。

如果要在末端添加一个氨基酸，可以在pymol 中切换到edit模式后选择C原子，然后点击build->residue-> 选择残基就可以了。

OXT means the oxygen atom of the terminal residue (here is ASP) on backbone chain.

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pdb2gmx 模式的质子化模式是基于残基的，每个残基都有默认的质子化状态。

pdb2pqr H++在线工具进行质子化，可以基于微环境判断残基的质子化状态，得到pqr文件后，用PyMOL 打开查看里面的质子化状态和pdb2gmx -inter 联合使用。

select ASPs,resn ASP

ASPs=cmd.get_model('ASPs').atom

print  len(set(map(lambda i: i.resi,ASPs)))

print sum( map(lambda i: i.partial_charge,ASPs))

在pymol 中统计相应的残基的电荷和个数。

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PyMOL>select GLUs,resn GLU
 Selector: selection "GLUs" defined with 365 atoms.

PyMOL>GLUs=cmd.get_model('GLUs').atom

PyMOL>print  len(set(map(lambda i: i.resi,GLUs)))
23

PyMOL>print sum( map(lambda i: i.partial_charge,GLUs))
-21.0000003949

我们可以看到23个GLU，电荷为-21，说明有2个GLU没有带电荷。

PyMOL>select doubles, fc. = -1 and resn GLU and 1t48
 Selector: selection "doubles" defined with 23 atoms.

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计算

pqr4gro.py.txt

计算各个残基的电荷

PyMOL>load 1t48.pqr
 CmdLoad: "1t48.pqr" loaded as "1t48".

PyMOL>run pqr4gro.py
lys 5 1.0000000596
lys 12 1.0000000596
lys 36 1.0000000596
lys 39 1.0000000596

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PDB2PQR 在线服务器会自动修改残基的名字

http://nbcr-222.ucsd.edu/pdb2pqr_2.1.1/

现在schrodinger中准备后蛋白，然后把所有的H原子删除，然后把文件提交到pdb2pqr服务器就可以了。

得到的pdr文件，通过obabel 或者 pymol 转成pdb 即可。

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直接通过pdb2gmx进行加H的话，不会改变残基的名字，不同环境的HIS，可能会加1个H，也可能会加2个H。和propka加H不完全一样。

通过topol文件，比较2种方式的残基的电荷差异。

指定生成topol文件的名字

-p  xxx.top

[z1t48]$ grep '; residue ' 1t48_noHh.top  >1t48_nohH.q
[z 1t48]$ grep '; residue ' 1t48_pqr2.top  >1t48_pqr2.q
[z 1t48]$ diff 1t48_nohH.q 1t48_pqr2.q

100c100
< ; residue 101 GLU rtp GLU  q -1.0
---
> ; residue 101 GLH rtp GLH  q  0.0

213c213
< ; residue 214 HIS rtp HIP  q +1.0
---
> ; residue 214 HID rtp HID  q  0.0

propka方式 对101位的GLU进行了质子化

pdb2gmx 自带的质子化方法对214的his 进行了质子化。

导致这两种方式虽然经过质子化后，总的电荷和原子数目相同，但是细节上还是存在一定的差异性。

建议采用propka(pdb2pqr)方式进行质子化，术业有专攻，专业的事用专业的软件来做。