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定量生物学需要的三个软件

热度 1 2014-2-13 22:38

本文主要是依照个人经验而谈，在学习工作中经常碰到一些重复性劳动，若是能有一批可靠的程序来实现，那就善莫大焉了。如果大家能推荐已有的好软件，那是最好了。 第一类是进行参数拟合的软件，在利用常微分方程对生物系统进行建模的时候，经常会碰到调节参数这样的问题。对于一个系统，通常会有要调节的目标，要么是让 ...

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谈谈动物模型

热度 1 2014-2-8 13:10

之前和中医药大学的同学聊天，说到中医现在也讲究动物模型了。比如要研究脾虚，要用小鼠做实验，怎么办呢？把老鼠扔到冷水里，让其挣扎到无力，然后再捞出来，就是脾虚的老鼠了。类似的要研究肝郁，就给老鼠饿几顿，再饱饱地喂几顿，再饿几顿，这样反复，老鼠怕就肝郁了。 这样的模型让我觉得颇有些喜剧效果，没 ...

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生物中的逆向工程技术（三）：布尔网络模型

热度 1 2014-2-8 12:13

布尔网络是一类特殊的模型，在这种模型中， 每个结点代表一种基因或蛋白，其水平只取两个值，或是0或是。而网络中的连接则表示他们间的相互作用。在此基础上就可以建立布尔网络模型，令Si(t)表示结点i在t时刻的状态，则Si(t+1)=f(S(t))，其中f是依据模型而定的布尔函数。一种常用的取法是计算Sj(t)aji，其中aji为结点j对结 ...

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时间的可逆性

热度 2 2013-5-11 15:37

时间可逆性是一个十分有趣且颇有争议的话题，而且它所蔓延的领域不止在物理中，更延伸到了其他学科。比如生物，在生物演化的过程是否可逆，若它是不可逆的，我们是否能够找到一种量化的指标来标定进化的方向，就像物理学中的熵。这类的关于时间箭头的争执，是从不匮乏的。 时间可逆性的争论之所以如 ...

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分子实验中的物理学：甘油冻存菌种

热度 3 2013-5-9 22:44

甘油为什么能冻存菌种，这是一直让笔者感到困惑的问题。 为什么甘油可以让菌在-80度的低温下仍能不死呢？一种解释是加入甘油可以降低溶液的冰点，这个说法看来很容易接受，但事实是我们冻存采用的15%的甘油溶液，冰点不低于-10度，而菌种保存的温度远低于-10度。 笔者能够找到的指出用甘油保存 ...

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