喜欢做的和必须做的，为什么不能任性呢？

崔雷 2018-10-22 11:38

本来想继续“憋”那篇英文论文，打开看到一篇参考文献，用PageRank算法计算论文相似性，一直以来有的疑问又涌上心头： PageRank算法不是计算有向无权网络节点的吗？论文相似网络是一个无向加权网络，怎么能用呢？ 通过搜索引擎和文献数据库，发现这个算法有个很多改进，通过修改原公式的参数，是可以用到加权 ...

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利用聚类树聚合方法挖掘生物医学数据特征挖掘（摘要翻译）

崔雷 2018-7-21 12:08

Mining Features for Biomedical Data using Clustering Tree Ensembles. Pliakos K , Vens C . J Biomed Inform. 2018 Jul 13 ; 可以供给 机器学习界利用的生物医学数据量增长非常迅速，随之带来一个问题：这些数据实际上能提供多少信息的？或者描述数据实例的特征有多大的区分度？一些生物医 ...

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Bicomb软件处理pubmed的xml格式中出现问题的临时解决办法

热度 3 崔雷 2018-4-2 10:44

最近发现，提取pubmed2016年以后的记录过程中出错，如下图： 经过反复调查，发现是因为下载的文献中，标题内容中存在sup或sub或i字符，导致提取意外终止。包括： b (bold) i (italic) sup (superscript) su ...

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利用文献生成耐受性细胞治疗知识图【译文】

崔雷 2017-12-20 15:49

Generating a Tolerogenic Cell Therapy Knowledge Graph from Literature 利用文献生成耐受性细胞治疗知识图 在对自动免疫性疾病治疗中，耐受性细胞疗法提供了与传统免疫抑制治疗不一样的途径，并且解决了对器官或者干细胞移植物的排斥。 知识图就是一种利用文本挖掘方法将不同信息资源联系起来的方法，它可 ...

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bicomb2的新网址

热度 3 崔雷 2017-8-23 15:37

由于学校网站整理，bicomb2的下载网址改为： 202.118.40.8/bc 带来不便请谅解。

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技术抽离了情感？

热度 1 崔雷 2017-3-24 11:47

1986年的冬天，大五的医学生到武汉大学图书情报学院进修，那一年进修生住在桂园，同寝室的老张30多岁，刻苦备考研究生，我记得外语考试结束的时候，老张很是高兴，告诉大家那篇日译汉短文他看懂了：过去，老式机车是缓缓地离开站台，一声长鸣，几声蒸汽，让人们挥手告别，一点点远离了亲人朋友。而现在，离站的火车“嗖” ...

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通过web的生物医学文本处理工具：Whatizit

崔雷 2016-7-20 13:24

动机：文本挖掘方法已经进入到为生物医学研究者提供有效服务的阶段。这些方法需要解决的首要问题是资源（比如受控词表 ） ，要处理的文献（比如在PubMed中已经有一千七 百万的文献），以及用户的需求（抽取事实的种方法 ）等在 数量和体量的增长。这些需求刺激作者开发一个基于服务器的文献分析方法。Whatizit就是 ...

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利用共同邻居推理网络几何机构（译文）

崔雷 2015-11-25 13:36

Network Geometry Inference using Common Neighbors 我们介绍和探索根据两节点共同拥有的邻居的数量来推断复杂网络节点潜在几何坐标的新方法。我们将该方法与HyperMap方法进行了比较，后者只是基于节点之间连接（及无连接），即根据节点间有链接(或没有)。我们发现对于高度数的节点利用共有邻居（common-neighbors） ...

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生物学网络教程（译文）

崔雷 2015-11-25 12:36

Tutorial on biological networks WIREs Data Mining Knowl Discov 2012, 2: 298–325 doi: 10.1002/widm.1061 了解生物系统各组成部分如何通过相互作用发挥功能是网络科学的长期目标。受高通量技术发展的鼓舞，网络科学已经成为计算生物学和系统生物学研究中的快速发展的领域，因为高通量技术可以发现生物 ...

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